【이유】
1. 처분내용
1) 청구법인은 구 「산업교육진흥 및 산학협력 촉진에 관한 법률」(이하 “산협법” 이라 한다)에 따라 설립된 비영리법인(산학협력단)으로 정부출연 연구기관과 국가연구개발과제에 대한 협약을 체결하고 연구개발결과물에 대한 특허를 기업체에 실시권을 설정한 후 그 기업체로부터 기술료를 징수하고 있으며, 연구에 참여한 대학교 소속 교직원에게 기술료의 일정액 50％를 기술료보상금으로 지급하였다.
2) 청구법인 등은 2008∼2010사업연도 중 *,***백만원의 기술료보상금(이하 “쟁점 보상금”이라 한다)을 아래와 같이 대학의 교직원에게 지급하였고, 쟁점 보상금은 「발명진흥법」상 직무발명으로 받은 보상금에 해당하므로 「소득세법」 제12조 제5호에 따라 비과세되는 기타소득으로 보아 기타소득세를 원천징수하지 아니하였다.
3) ㅇㅇ지방국세청장은 2013년 3월 청구법인이 소속대학 교직원에게 지급한 쟁점 보상금을 과세대상 기타소득으로 보아 2008∼2010년 과세연도 원천세(기타소득세)를 **,***,***원을 경정 고지하도록 통지하였고, 처분청은 통지내용대로 경정ㆍ고지하였다.
2. 청구법인 주장
가. 대학소속 교직원이 산학협력단에서 받는 보상금은 발명진흥법상 직무발명으로 받는 보상금에 해당한다.
「소득세법」 제12조 [비과세 소득]에서 「발명진흥법」 제2조 제2호에 따른 직무발명으로 받는 보상금을 비과세 기타소득으로 규정하고 있으며 「발명진흥법」 제2조 제2호에서 직무발명이란 다음의 조건을 충족하는 발명을 말한다.
즉, ① 종업원등이 발명을 하고 ② 발명의 혜택이 사용자등에게 귀속되며 ③ 그 발명이 직무와 연관이 있을 것을 조건으로 하고 있다. 대학의 교직원이 산협법에 따라 산학협력단으로부터 받게 되는 기술료 보상금의 근거가 되는 발명은 다음과 같은 이유에서 직무발명의 요건을 갖추고 있다.
첫째, 산협법 제25조에 따르면 대학은 학교규칙이 정하는 바에 따라 대학에 산학협력에 관한 업무를 관장하는 조직을 둘 수 있는바, 산학협력단은 법적 성질상 독립된 실체이나 실질상 대학의 관리 및 지도 등을 받는 대학의 하부 조직이다.
산학협력단을 대표하는 산학협력단의 단장은 해당 대학의 장의 지도와 감독을 받아 소관업무를 총괄하므로 산학협력단은 독립된 권리 및 의무 능력을 가진 주체임과 동시에 대학의 장의 지도와 감독을 받는 하부조직으로서의 이중적 지위를 가짐. 또한 실제로 대학의 모든 연구는 대학소속 교직원인 교수등이 수행을 하고 대학의 모든 연구는 산학협력단을 통하여만 수행할 수 있다. 따라서 대학의 교직원은 법률상으로는 산학협력단의 종업원등은 아니지만 실질상 대학과 산학협력단을 동일시 할 수 있으므로 산학협력단의 종업원이라 볼 수 있다.
둘째, 대학의 교직원이 행한 연구로 인한 모든 발명의 귀속(특허등록 등)은 산학협력단에 속하도록 하고 있다. 대학의 교직원이 발명한 모든 결과물로부터 창출되는 소득은 개인에게 귀속될 수 없으며, 반드시 산학협력단을 통하여 출원 등록되고, 특허권 등의 실시나 양도에 따른 소득도 모두 산학협력단에 귀속하도록 규정되어 있다. 따라서 두 번째 귀속요건도 만족하고 있다.
셋째, 대학 교수의 주요 직무는 학생을 가르치는 것 이외에 자신의 전공과 관련된 학문의 연구도 당연히 포함되므로 대학 교수의 발명은 직무발명으로 보아야 한다. 대학 교수가 산학협력단을 통하여 수주한 연구를 수행하는 것은 단순한 연구용역의 수행이 목적이 아니라 대학 학문의 발전과 대한민국 연구수준의 발전을 위하여 정부 등의 전폭적인 지원을 받아 수행하는 것으로 이는 단순 용역의 제공이 아닌 교수의 본분이고 직무인 연구 활동의 일환으로 볼 수 있다. 따라서 이러한 연구로 인한 발명은 당연히 교수의 직무와 연관성이 깊다고 할 수 있다. 또한 우리나라가 발명자주의를 채택하고 있으므로 특허권은 발명자인 교수에게 귀속되나, 산학협력단의 규정등에 의해 산학협력단에 승계된다. 대학교수가 외부기업체로부터 연구를 위탁하고 발명을 완성한 경우 산학협력단이 계약의 당사자가 되면 이는 직무발명에 해당된다고 판단된다.
따라서 대학소속 교직원이 산학협력단을 통하여 수행한 연구로 인한 발명은 위의 세가지 요건을 충족하고 있으므로 「발명진흥법」 제2조에 따른 직무발명에 해당함이 명확하다.
나. 산학협력단이 대학소속 교직원에게 지급하는 기술료 인센티브는 소득세법 제21조 제5호 라목 2)의 비과세소득에 해당한다.
2003.5.27.에 공포된 산협법에 의거 기존의 대학의 내부 조직인 연구처가 법인의 형태로 하여 특별법인인 산학협력단으로 설립되었다. 2007.12.31. 개정된 「소득세법」 제12조 제5호 라목 2)에 따르면 대학의 교직원이 소속 대학에 설치된 산협법에 따른 산학협력단으로부터 같은 법 제32조에 따라 받는 보상금은 비과세 기타소득에 해당됨. 또한 산협법 제32조 제1항 제4호에 의하면 산학협력단은 산학협력단의 수입에 기여한 교직원 및 학생에 대하여 보상금을 지급할 수 있도록 규정하고 있다.
「소득세법」의 개정취지는 앞에서 설명한 바와 같이 산학협력단과 대학소속 교직원의 관계가 직무발명의 개념에 적합한지 여부에 대하여 논란의 여지가 있을 것으로 예상하여 이러한 논란의 여지를 불식시키기 위하여 보다 명확하게 산학협력단에서 대학의 교직원에게 지급하는 보상금도 직무발명으로 인한 보상금에 해당한다는 규정을 명문화한 것으로 이해된다.
만일 산학협력단에서 대학소속 교직원에게 지급하는 기술료 인센티브가 「소득세법」 제12조 제5호 라목 2)에 해당하지 아니한다면 동 규정은 적용될 여지가 없는 사문화된 규정이 된 것이다.
따라서 「소득세법」의 개정 취지로 볼 때 산학협력단이 대학소속 교직원에게 지급하는 기술료 인센티브는 「소득세법」 제21조 제5호 라목 2)의 비과세소득에 해당한다.
다. 최근의 조세심판원 결정사례(조심2012전2623, 2013.4.25.)에 따르면 산학협력단에서 교수 등에게 지급한 기술료 보상금에 대하여 비과세 소득으로 결정한 바 있다.
동 조세심판원 결정사례는 대학의 교직원이 소속대학에 설치된 구「산업교육진흥 및 산학협력 촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단으로부터 같은 법 제32조에 따라 2008.1.1. 이후 지급받는 보상금은 비과세 대상으로 보도록 「소득세법」 제12조 제5호가 2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되었고, 쟁점보상금 중 청구법인이 특허권ㆍ실용신안권ㆍ디자인권으로 등록된 권리의 허여 등을 통하여 기업으로부터 수령한 수입금액 중 발명자인 교직원에게 지급한 보상금은 「소득세법」 제12조 제5호 라목에 따른 비과세 기타소득에 해당되는 것(재소득 46073-181, 2002.12.30. 참조)임에도, 처분청이 쟁점 보상금 모두를 과세대상의 기타소득으로 보아 기타소득세를 과세한 처분은 부당한 것으로 판단하고 있다.
라. 처분청 의견에 대한 검토
1) “종업원의 직무와 관련된 자발적인 연구가 아닌 정부출연 연구기관과의 수탁과제에 따른 연구개발은 직무발명으로 보기 어렵다.”는 데에 대한 의견
대학의 산학협력단에서 정부출연 연구기관(연구재단 등)과 협약을 체결하여 진행하는 연구는 정부출연 연구기관이 연구주제를 정하고 이를 산학협력단이 수주하여 진행하는 용역과제가 아니고, 정부에서 큰 개념의 연구주제를 정하여 연구예산을 연구재단 등에 지급하고 각 학교의 교수가 자기 분야와 관련된 연구주제에 대하여 연구제안서를 제출하고 이를 심사하여 선정된 연구과제에 대하여 연구협약을 체결하고 연구비를 지급하는 성격이다.
따라서 이는 연구결과물을 연구비를 지급하는 자가 소유하려고 하는 대가관계가 있는 연구개발이 아니고, 각 학교의 교수가 자기 전공분야에 대한 연구계획을 신청하고 이에 대한 연구보조금을 정부대행기관으로부터 받는 형태이며, 이는 법인세법상으로도 비수익사업으로 분류되는 연구 및 개발업에 속한다.
즉, 정부출연 연구기관과의 협약체결은 연구용역의 수행이 아니고, 대학교수가 교수의 고유직무 중 하나인 연구업무를 자발적으로 수행하기 위하여 부족한 연구재원을 신청하여 정부로부터 보조받는 형태로 봄이 타당하다.
2) “쟁점보상금의 지급근거가 「발명진흥법」이 아니라 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」이므로 「발명진흥법」에 따른 직무발명보상금과 상이하다.”는 데에 대한 의견
「소득세법」 제12조 제5호 라목 2)에서 명시적으로 산협법 제32조에 따라 받는 보상금을 비과세 기타소득으로 언급하고 있으며, 쟁점 보상금은 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정과 산협법 제32조에 의거하여 각 대학교가 정하는 자체 규정에 따라 지급하는 보상금이므로 「소득세법」에서 정한 비과세 요건에 해당하고 법률의 확장해석이나 유추해석에 해당하지 아니한다.
마. 조세심판원 결정사례(조심2012전2623, 2013.4.25.)와의 유사성
조세심판원 결정사례와 청구법인의 심사청구 사례는 다음과 같은 면에서 일치한다.
| 구 분 |
조세심판원 결정사례 |
본 심사청구 사례 |
| 연구협약체결 상대방 |
정부출연 연구기관 등 |
정부출연 연구기관 등 |
| 연구계약체결 주체 |
대학교 산학협력단 |
대학교 산학협력단 |
| 보상금 수령자 |
대학의 교수 |
대학의 교수 |
| 보상금지급 근거 |
산협법 제32조 |
산협법 제32조 |
| 보상금의 출처 |
특허권 등의 허여로 수령한 기술료 |
특허권 등의 허여로 수령한 기술료 |
| 보상금 지급시기 |
2008.1.1. 이후 |
2008.1.1. 이후 |
바. 결론
따라서 본 청구법인은 대학의 교직원인 교수등에게 산학협력단에서 지급한 기술료 보상금은 「소득세법」 제12조 제5호에 따른 직무발명 보상금의 요건을 충족하므로 2013.3.6.의 과세고지에 대하여 경정처분함이 마땅하다고 판단되어 이건 심사청구를 제출하게 되었다.
3. 처분청 의견
가. 연구원이 개발한 것은 직무발명이 아니다.
1) 직무발명이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자 등의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명(「발명진흥법」 §2②)으로 국한된다.
직무발명이란 종업원이 자기 직무와 관련된 것으로 “발명”이란 결국 연구 및 개발을 의미하는 것으로 볼 수 있는 것으로, 「법인세법 시행령」 제2조(수익사업의 범위)에 따르면 수익사업에서 제외하는 ‘사업서비스업 중 연구 및 개발업’의 범위에는 계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 경우는 포함되지 아니한다.
또한, 「조세특례제한법」 제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제)에 수탁받아 수행한 연구 및 인력개발비에 대해서는 세액공제 대상에 해당되지 아니하는 것으로 규정되어 있다.
2) 따라서, 직무발명이란 종업원이 그 직무에 관하여 자발적인 연구를 통한 새로운 성과물을 발명한 것으로써, 외부 기관으로부터 수탁 받아 수행하는 연구개발은 직무발명으로 보기 어렵다.
≪산학협력단의 연구사업 시행 및 흐름도≫
정부출연연구기관등(사업시행공고) → 산학협력단(연구과제 공고) → 과제신청(교수) → 과제채택(정부출연연구기관) → 협약체결(정부출연연구기관, 산학협력단) → 연구비 청구(산학협력단) → 연구비지급 |
위 흐름도와 같이 정부출연기관과 산학협력단의 협약을 통하여 수주한 특정연구과제를 소속 대학교수 등이 수행하고 있는바, 정부출연기관의 연구 과제를 수탁 받고 수행한 후 개발된 성과물에 대하여 직무발명으로 볼 수 없다.
또한, 청구법인이 정부출연연구기관 등과 협약체결하여 그 성과물에 대해 소속대학 교직원 등에게 지급하는 보상금은 비과세 기타소득에 해당하지 않는 것으로 해석하고 있다(소득세과-0011, 2012.1.5. 등 같은뜻임).
나. 쟁점 보상금의 지급 근거
청구법인은 기술이전 연구자에게 기술료의 50∼70％를 인센티브 명목으로 지급하고 있는데, 이는 연구개발결과물 소유기관이 비영리법인인 경우 징수한 기술료 중 정부 출연금 지분의 50％ 이상을 연구개발과제 참여 연구원에 대한 보상금으로 지급하여야 하는 규정에 따른 것이다(국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 제23조).
다. 결론
1) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석할 것은 아니고(대법원 2003두7392, 2004.5.28. 등),
2) 기타소득 중 「발명진흥법」 제2조 제2호에 따른 직무발명 보상금으로써, “대학의 교직원이 소속 대학에 설치된 산협법에 따른 산학협력단으로부터 같은 법 제32조에 따라 받는 보상금에 대하여는 소득세를 과세하지 아니한다(「소득세법」 §12)”고 규정하고 있지만,
이 건의 경우, 청구법인은 국가기관의 연구개발과제를 수행ㆍ관리하는 정부출연연구기관등과 연구개발 협약체결 및 그 연구개발의 운영ㆍ관리를 주관하는 비영리법인으로 「과학기술기본법」 및 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」에 따라 징수한 기술료의 일정액을 청구법인의 국가연구개발과제 성과물을 완성한 청구법인의 소속 교직원에게 산협법 제32조에 따라 청구법인의 재원 수입에 기여한 대가로 지급한 것이며,
쟁점 보상금의 지급근거는 「발명진흥법」이 아니라 「과학기술기본법」 및 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」에 의한 것이고, 수급대상자의 법적 성격이 「발명진흥법」에 따른 직무발명 보상금과는 상이하고,
또한, 교직원 등이 고유 직무를 수행하면서 그 직무와 관련하여 자발적인 연구의 개발된 성과물이 산학협력단의 재원수입에 기여하였고 이에 대한 대가를 수취하는 경우를 말하는 것으로 외부기관으로부터 수탁에 의하여 개발된 성과물은 직무발명이라 보기 어렵다.
3) 그러므로 “쟁점 보상금”은 직무발명 보상금이라는 전제조건을 충족하지 못함으로 쟁점 보상금을 과세되는 기타소득으로 보아 청구법인에게 고지한 것은 적법하다.
4. 심리 및 판단
가. 쟁점
대학소속 교직원이 산학협력단에서 받은 쟁점 보상금이 소득세법상 비과세되는 기타소득에 해당하는지 여부
나. 관련법령
1) 소득세법 제12조【비과세소득】
다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.
5. 기타소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득
라.「발명진흥법」제2조 제2호에 따른 직무발명으로 받는 다음의 보상금
1) 종업원이「발명진흥법」제15조에 따라 사용자로부터 받는 보상금
2) 대학의 교직원이 소속 대학에 설치된「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단으로부터 같은 법 제32조에 따라 받는 보상금
2) 소득세법 제21조【기타소득】
① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 상금, 현상금, 포상금, 보로금 또는 이에 준하는 금품
(중략)
19. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 인적용역(제15호부터 제17호까지의 규정을 적용받는 용역은 제외한다)을 일시적으로 제공하고 받는 대가
다. 변호사, 공인회계사, 세무사, 건축사, 측량사, 변리사, 그 밖에 전문적 지식 또는 특별한 기능을 가진 자가 그 지식 또는 기능을 활용하여 보수 또는 그 밖의 대가를 받고 제공하는 용역
3) 발명진흥법 제2조【정의】
이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “발명”이란「특허법」ㆍ「실용신안법」또는「디자인보호법」에 따라 보호 대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다.
2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.
3. “개인발명가”란 직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다.
4) 발명진흥법 제10조【직무발명】
① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다.
② 제1항에도 불구하고 공무원의 직무발명에 대한 권리는 국가나 지방자치단체가 승계하며, 국가나 지방자치단체가 승계한 공무원의 직무발명에 대한 특허권등은 국유나 공유로 한다. 다만,「고등교육법」제3조에 따른 국ㆍ공립학교(이하 “국ㆍ공립학교”라 한다) 교직원의 직무발명에 대한 권리는「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」제11조 제1항 후단에 따른 전담조직(이하 “전담조직”이라 한다)이 승계하며, 전담조직이 승계한 국ㆍ공립학교 교직원의 직무발명에 대한 특허권등은 그 전담조직의 소유로 한다.
③ 직무발명 외의 종업원등의 발명에 대하여 미리 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키거나 사용자등을 위하여 전용실시권(專用實施權)을 설정하도록 하는 계약이나 근무규정의 조항은 무효로 한다.
5) 발명진흥법 제15조【직무발명에 대한 보상】
① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 권리나 특허권 등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.
② 제1항에 따른 보상에 대하여 계약이나 근무규정에서 정하고 있는 경우 그에 따른 보상이 다음 각 호의 상황 등을 고려하여 합리적인 것으로 인정되면 정당한 보상으로 본다.
1. 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준을 정할 때 사용자등과 종업원등 사이에 행하여진 협의의 상황
2. 책정된 보상기준의 공표ㆍ게시 등 종업원등에 대한 보상기준의 제시 상황
3. 보상형태와 보상액을 결정할 때 종업원등으로부터의 의견 청취 상황
6) 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률 제25조【산학협력단의 설립ㆍ운영】(2008.2.29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것)
① 대학은 학교규칙으로 정하는 바에 따라 대학에 산학연협력에 관한 업무를 관장하는 조직(이하 “산학협력단”이라 한다)을 둘 수 있다.
② 산학협력단은 법인으로 한다.
③ 산학협력단은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.
④ 산학협력단의 명칭에는 해당 학교명이 표시되어야 한다.
7) 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률 제27조【산학협력단의 업무】(2008.2.29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것)
① 산학협력단은 다음 각 호의 업무를 수행한다.
6. 직무발명과 관련된 기술을 제공하는 자 및 이와 관련된 연구를 수행하는 자에 대한 보상
8) 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률 제31조【수입】(2008.2.29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것)
① 산학협력단은 다음 각 호의 재원을 수입(收入)으로 한다.
1. 국가나 지방자치단체로부터의 출연금 및 보조금
2. 제24조 제1항에 따른 산학연협력계약에 따른 수입금, 유가증권, 그 밖에 재산적 가치가 있는 물건
3. 산학연협력 성과에 따른 수익금, 유가증권, 그 밖에 재산적 가치가 있는 물건
9) 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률 제32조【지출】(2008.2.29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것)
① 산학협력단은 다음 각 호의 지출을 할 수 있다.
4. 제31조 제1항 제2호부터 제7호까지의 재원 수입에 기여한 교직원 및 학생에 대한 보상금
10) 과학기술기본법 제11조의4【기술료의 징수 및 사용】
① 연구개발결과물 소유기관의 장(제11조의3제2항에 따라 전문기관 등에 위탁한 경우에는 위탁받은 기관의 장)은 연구개발결과물을 실시(연구개발결과물을 사용ㆍ양도ㆍ대여 또는 수출하려은 것을 말한다. 이하 같다)하려는 자와 실시권의 내용, 기술료 및 기술료 납부방법 등에 관하여 계약을 체결하는 때에는 기술료를 징수하여야 한다. 다만, 연구개발결과물 소유기관이 소유하고 있는 결과물을 직접 실시하려는 경우에는 전문기관의 장이 기술료를 징수할 수 있다.
11) 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 제23조【기술료의 사용】
① 연구개발결과물 소유기관의 장이 비영리법인인 경우에는 징수한 기술료를 다음 각 호에 따라 사용하여야 한다.
1. 정부 출연금 지분의 50퍼센트 이상:연구개발과제 참여연구원에 대한 보상금
2. 제1호의 금액을 제외한 나머지 금액 : 연구개발 재투자, 기관운영경비, 개발한 기술을 이전하거나 사업화하기 위하여 필요한 경비, 지식재산권 출원ㆍ등록ㆍ유지 등에 관한 비용 및 기술확산에 기여한 직원 등에 대한 보상금
다. 사실관계
1) 청구법인은 산협법에 따라 설립된 특별법인(산학협력단)이고 각 대학교의 학칙을 적용받는 대학의 부속기관으로 교육연구용역을 제공하는 비영리법인이며, 청구법인은 교수로부터 승계한 특허권의 양도, 전용실권의 설정 및 통상실시권의 허여로 수입이 발생할 경우 지급받는 기술료의 50％ 상당을 연구자인 교수에게 기술료보상금으로 지급하고 있다.
* 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」 제23조【기술료의 사용】에 따라 정부 출연금 지분의 50퍼센트 이상을연구개발과제 참여연구원에 대한 보상금으로 지급하여야 함
2) ㅇㅇ지방국세청장은 2011.11.17.「과학기술기본법」제11조의4 및「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」제23조 등의 규정에 따라 국가연구개발사업 연구개발과제의 결과물을 기업체 등에게 사용하게 하고 그 대가로 지급 받은 기술료를 재원으로 참여 연구원들에게 지급한 보상금에 대한 원천징수이행상황 적정여부를 확인하기 위하여 안내문을 발송하였으며 청구법인은 국가연구과제 기술료보상금 지급내역을 보고 하였다.
3) 직무관련 발명 등과 관련하여 종업원 등에개 지급한 보상금에 대한 비과세 여부에 대한 관련예규 및 법령의 개정내용을 정리하면 아래와 같다.
가) 기획재정부 관련예규(재소득46073-181, 2002.12.30.)
| 종업원 등의 직무와 관련한 발명 등이 특허 출원중이거나 출원심사결과 특허 등록되지 않은 경우에, 사용자 등이 동 직무관련발명 등과 관련하여 종업원 등에게 지급한 보상금은 소득세법 제12조 제5호 라목의 비과세되는 기타소득에 해당하지 않는 것임 |
직무관련 발명 등과 관련하여 종업원 등에게 지급한 보상금이 과세되는 기준을 종업원 등의 직무와 관련한 발명 등이 특허 출원중이거나 출원심사결과 특허 등록되지 않은 경우로 해석하였다.
나) 소속대학 교직원은 산학협력단의 종업원 등에 해당하지 아니하여 산학협력단이 소속대학 교직원에게 지급하는 직무발명 보상금은 과세되는 문제점을 해결하기 위하여 산학협력단이 소속대학 교직원에게 지급하는 직무발명 보상금을 소득세 비과세 대상에 포함하는 「소득세법」 제12조 비과세되는 기타소득의 규정이 2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되었다.
(1) 종전 「소득세법」 제12조 제5호(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것)
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라. 종업원의 직무와 관련된 우수발명으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여 사용자로부터 받는 보상금 |
(2) 개정 된 「소득세법」 제12조 제5호(2008.1.1. 이후 지급받는 소득분부터 적용)
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라. 종업원의 직무와 관련된 우수발명으로서 대통령령으로 정하는 것에 대하여 지급되는 다음의 보상금
(1) 종업원이 「발명진흥법」 제15조에 따라 사용자로부터 받는 보상금
(2) 대학의 교직원이 소속 대학에 설치된 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단으로부터 같은 법 제32조에 따라 받는 보상금 |
다) 청구법인의 쟁점 보상금과 유사한 사건에 대해 조세심판원은 2013.4.25. 산학협력단에서 교수 등에게 지급한 직무발명보상금의 비과세 기타소득 여부에 대한 아래와 같이 판단하였다(조심2012전2623, 2013.4.25. 같은뜻임).
| 처분청은 산학협력단인 청구법인이 교수에게 지급한 쟁점기술료가 「소득세법」상 과세대상인 기타소득이라는 의견이나, 대학의 교직원이 소속대학에 설치된 「산업교육진흥 및 산학협력 촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단으로부터 같은 법 제32조에 따라 2008.1.1. 이후 지급받는 보상금은 비과세 대상으로 보도록「소득세법」 제12조 제5호가 2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되었고, 쟁점기술료 중 청구법인이 특허권ㆍ실용신안권ㆍ디자인권으로 등록된 권리의 허여 등을 통하여 기업으로부터 수령한 수입금액 중 발명자인 교원에게 지급한 보상금은 「소득세법」 제12조 제5호 라목에 따른 비과세 기타소득에 해당되는 것(재소득 46073-181, 2002.12.30. 참조)임에도, 처분청이 쟁점기술료 모두를 과세대상의 기타소득으로 보아 기타소득세를 과세한 처분은 부당한 것으로 판단된다. |
조세심판원은 기존 기획재정부 관련예규(재소득 46073-181, 2002.12.30. 참조)와 2007.12.31. 법률 제8825호로 개정된 소득세법 제12조 제5호에 따라
쟁점기술료 중 청구법인이 특허권ㆍ실용신안권ㆍ디자인권으로 등록된 권리의 허여 등을 통하여 기업으로부터 수령한 수입금액 중 발명자인 교원에게 지급한 보상금은 「소득세법」 제12조 제5호 라목에 따른 비과세 기타소득에 해당되는 것으로 판단하였다.
4) ㅇㅇ지방국세청장은 관련예규(소득세과-11, 2012.1.5. 및 소득세과-62, 2012.1.19.)에 따라 대학교 산학협력단이 정부출연 연구기관과 국가연구개발과제에 대한 협약을 체결하고 그 연구개발성과물과 그 성과물에 대한 특허를 기업체에게 이전 및 실시권을 설정한 후 그 기업체로부터 징수한 기술료의 일정액을 소속대학 교직원에게 보상금(기술료 인센티브)으로 지급하는 경우 해당 보상금(기술료 인센티브)은「소득세법」제12조 제5호에 따른 비과세 기타소득에 해당하지 않는 것임을 주장하고 있다.
가) 이러한 주장의 근거는 기타소득 중 「발명진흥법」 제2조 제2호에 따른 직무발명 보상금으로써, “대학의 교직원이 소속 대학에 설치된 산협법에 따른 산학협력단으로부터 같은 법 제32조에 따라 받는 보상금에 대하여는 소득세를 과세하지 아니한다(「소득세법」 §12)”고 규정하고 있지만,
이 건의 경우, 청구법인은 국가기관의 연구개발과제를 수행ㆍ관리하는 정부출연연구기관등과 연구개발 협약체결 및 그 연구개발의 운영ㆍ관리를 주관하는 비영리법인으로 「과학기술기본법」 및 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」에 따라 징수한 기술료의 일정액을 청구법인의 국가연구개발과제 성과물을 완성한 고려대학교 소속 교직원에게 산협법 제32조에 따라 청구법인의 재원 수입에 기여한 대가로 지급한 것이라는 것이다.
즉, 교직원 등이 고유 직무를 수행하면서 그 직무와 관련하여 자발적인 연구의 개발된 성과물이 산학협력단의 재원수입에 기여하였고 이에 대한 대가를 수취하는 경우를 말하는 것으로 외부기관으로부터 수탁에 의하여 개발된 성과물은 직무발명이라 볼 수 없다는 주장이다.
나) 2003년 2월 「산업교육진흥법」 중 개정법률안(정부)에 대한 전문위원 검토보고서에 의하면 산학협력단의 설립취지는 다음과 같다.
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가. 산학협력단의 설치 필요성
개정안은 제5장(제24조 내지 제40조)를 신설하여 “산학협력의 촉진”에 관하여 규정하면서, 그 핵심적인 내용으로 대학에 산학협력단을 설치하여 산학협력에 관한 권리ㆍ의무의 주체가 될 수 있도록 규정하고 있음
이와 같이 산학협력단을 설치할 필요성은 현행 법령상 “학교”에는 법인격이 없어 권리ㆍ의무의 주체가 될 수 없다는 점과 산학협력을 위해서는 체계적인 지원기구가 필요하다는 점에서 찾을 수 있음
현행법상 학교는 법인격이 존재하지 아니하기 때문에 자기 책임하에 계약을 체결할 수 없는 등 권리ㆍ의무의 주체가 될 수 없어, 실제 산업체 등과 산학협력을 하는 경우 “학교”가 아닌 “학교의 장”이 계약을 체결할 수 밖에 없게 되고, 지적재산권 등이 취득되는 경우 학교가 그 권리를 취득할 수 없게 되는 문제가 있음
결국, 학교의 입장에서는 산업체 등과 대등한 관계에서 권리ㆍ의무관계를 형성할 수 없을 뿐만 아니라 학교 자체의 책임으로는 법률행위를 할 수 없는 문제가 발생하게 되는 바, 산학협력단이라는 법인격을 갖는 특수법인을 설립하여 권리ㆍ의무의 행사를 하게 할 필요성이 대두되는 것으로 사료됨
또한, 현재 대학의 이공계열 학과를 중심으로 교육활동 이외에 정부 또는 산업체로부터 재정지원을 받는 연구활동의 규모가 증대하고 있으나, 대학내에 이를 체계적ㆍ총괄적으로 지원할 수 있는 체제가 완비되어 있지는 못한 것으로 보임
따라서, 산학협력에 관한 특수법인을 설립하여 총괄적인 지원체제를 완비한다는 면에서 법인격 있는 지원기구를 신설하는 데에 법률적으로나 정책적으로 별다른 문제는 없는 것으로 사료됨 |
* 위 개정안에 따라 「산업진흥교육법」은 2003.5.27. 법률 제6878호로 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」로 개정됨
다) 위 전문위원 검토보고서에 따르면 산학협력단은 정부 또는 산업체로부터 재정지원을 받는 연구활동을 지원하는데 있다.
라. 판단
처분청은 대학 교직원이 외부기관으로부터 연구과제를 수탁받아 개발한 성과물은 직무발명으로 보기 어려우므로 청구법인이 교수에게 지급한 쟁점보상금은 「소득세법」상 과세대상인 기타소득이라는 의견이나,
직무발명에 대한 주무부처인 특허청은 대학 교직원이 「고등교육법」 제15조에 따른 교직원의 직무범위 내에서 연구활동 등을 통해 창출한 발명은 「발명진흥법」 제2조 제2호에서 규정한 직무발명에 해당하는 것이라고 해석하고 있는 점(산업재산진흥과-3013, 2013.8.23. 참조),
대학의 교직원이 소속대학에 설치된 「산업교육진흥 및 산학협력 촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단으로부터 같은 법 제32조에 따라 2008.1.1. 이후 지급받는 보상금은 비과세 대상으로 보도록 2007.12.31. 법률 제8825호로 개정된 「소득세법」 제12조 제5호 규정의 개정취지가 산학협력단이 소속대학 교직원에게 지급하는 직무발명 보상금을 소득세 비과세 대상에 포함하여 직무발명을 지원하려고 한 점,
쟁점보상금 중 청구법인이 특허권ㆍ실용신안권ㆍ디자인권으로 등록된 권리의 허여 등을 통하여 기업으로부터 수령한 수입금액 중 발명자인 교원에게 지급한 보상금은 「소득세법」 제12조 제5호라목에 따른 비과세 기타소득에 해당되는 점(재소득 46073-181, 2002.12.30. 같은뜻임) 등을 종합해볼 때 청구법인이 특허권ㆍ실용신안권ㆍ디자인권으로 등록한 것에 대한 기술료보상금에 대해서는 「소득세법」 제12조 제5호라목의 비과세 기타소득으로 판단된다.
따라서, 처분청이 쟁점보상금 모두를 과세대상의 기타소득으로 보아 기타소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
5. 결 론
이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 「국세기본법」 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
〈익금산입〉부당행위계산의 부인액 640,000,000 (기타사외유출) 
