발 신 : 세무법인 자성택스
제 목 : 양도소득세 및 취득세 종합 검토건
본건 의견서는 000님(이하 ‘본 의뢰인’) 질의에 대하여 2025-10-13 시행·적용중인 법령 및 예규판례에 따라 작성하였습니다.
Ⅰ. 사실관계
가. 본 의뢰인은 2016.09월경 상속주택을 소수지분(이하 ‘A주택’)으로 취득하였습니다. 본 의뢰인의 전달 내용에 따르면 본 의뢰인의 지분은 2/7이며, 지분율이 가장 높은 상속인은 3/7입니다.
나. 본 의뢰인은 2018.03.23.에 비조정대상지역에 소재하는 아파트(이하 ‘B주택’)를 공동명의(배우자)로 취득하였습니다.
다. 본 의뢰인은 2019.06.14.에 B주택으로 전입하여 현재까지 실거주 중입니다.
라. 본 의뢰인은 2021.06.18에 조정대상지역에 소재하는 오피스텔(이하 ‘C주택’)을 공동명의(배우자)로 금430,000,000원에 취득하였으며, 취득 후 현재까지 임대차계약을 체결하여 주거용으로 임대 중이고, 별도의 임대사업자 등록은 하지 않았습니다.
마. 본 의뢰인은 2025-10-14에 B주택을 양도하는 계약을 체결할 예정이며, 잔금 지급일은 2026년 01월~02월경으로 예정되어 있습니다. 현재 양수인으로부터 가계약금 금20,000,000원을 수령한 상태입니다.
바. 또한, 본 의뢰인은 오피스텔인 C주택을 양도할 예정이며, 예상 시가는 약 금400,000,000원으로 양도차손이 발생할 것으로 예상됩니다. 해당 양도는 제3자 또는 특수관계인인 직계존속(모친)에게 이루어질 예정입니다.
사. 본 의뢰인은 C주택과 B주택 양도 후 **조정대상지역 내 신규주택(D주택)**을 취득할 계획이며, 이에 따라
(1) B주택 양도 시 양도소득세 비과세 적용 가능 여부
(2) D주택 취득 시 취득세 중과세 여부
(3) C주택 양도 시 검토
에 관한 세무상 최적 방안을 검토 요청하였습니다.
Ⅱ. 질의 내용
(1) B주택 양도 시 양도소득세 비과세 적용 가능 여부
(2) D주택 취득 시 취득세 중과세에 해당하지 않는 방법은 무엇인지
(3) C주택 양도하는 경우 가족간 매매 검토.
Ⅲ. 사안의 경우
가. 「소득세법 시행령」 155조 3항에 따르면, 공동상속의 소수지분자가 해당 상속주택 외의 일반주택을 양도하는 경우 상속개시 당시 보유 유무에 관계없이 상속지분에 해당하는 주택은 주택수에서 제외하므로 기존주택 양도할 경우 비과세 받을 수 있습니다(단, 기존주택이 1세대 1주택 요건을 충족할 것).
나. 이러한 상속주택 특례의 규정은 납세자에게 예상하지 못할 사유인 상속을 원인으로 불이익을 주지 않는 것이 취지이므로, 원칙적으로 ‘1세대가 별도세대원’으로부터 상속받은 주택에만 적용됩니다.
다. 본 의뢰인은 피상속인과 별도세대를 구성하고 있는 상황에서 상속이 개시되었고, 공동상속주택의 소수지분자(2/7)에 해당하므로, 상속주택 특례의 적용요건을 충족합니다.
라. 다만, B주택을 양도하기 전에 C주택을 먼저 양도(C주택은 양도차손의 발생이 예상되는 자산으로 B주택과 동일연도에 양도하는 경우 통산하여 세액을 감소시킬 수 있습니다.) 해야 합니다.
마. C주택을 B주택보다 먼저 양도 할 경우 C주택은 양도차손으로 납부세액이 없으며, B주택은 1세대 1주택 비과세를 받을 수 있습니다. 이 경우 양도가액 12억 원 이하분은 전액 비과세, 12억 원을 초과하는 경우에는 초과분에 대해 비율에 따라 과세됩니다.
바. 한편, 「지방세법 시행령」 제28조의4(주택 수의 산정방법)에 따르면, 상속으로 주택을 소수지분 형태로 취득한 경우에는 해당 상속주택을 주택 수 산정에서 제외하도록 규정하고 있습니다. 이 규정은 기한의 제한 없이 적용되며, 상속으로 인한 지분취득이 조세상 불이익(예: 취득세 중과)에 연결되지 않도록 하기 위한 취지입니다.
사. 따라서, 본 건의 경우 C주택을 먼저 양도한 후 B주택을 양도하고, 이후 **조정대상지역 내 신규주택(D주택)**을 취득하면, 상속주택인 A주택은 지방세법상 주택 수 산정에서 제외되므로, D주택 취득 시 적용되는 취득세 중과 규정(지방세법 제13조의2 제2항 등)은 적용되지 않으며, 일반세율(1~3%)이 적용됩니다.
아. 한편, C주택을 양도하는 경우 그 상대방이 누구인지에 따라 과세관계가 달라집니다.
① 특수관계인(직계존속 등)에게 시가보다 현저히 낮은 가액(시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5%이상인 경우)의으로 양도하는 경우, 「소득세법」 제101조 제1항 및 같은 법 시행령 제167조 제3항 1호에 따라 양도자는 시가를 기준으로 양도차익을 계산(이하 ‘부당행위계산의 부인’)해야 하며, 「상속세 및 증여세법」 제35조 제1항 따라 양수자인 직계존속 에게는 저가양수에 따른 증여이익이 과세됩니다. 즉, 시가의 70% 이하로 거래할 경우에 증여세가 과세될 수 있습니다(구체적인 계산방법이 있으나 사안의 경우에는 시가의 70%으로 이해하면 됩니다).
② 반면, 제3자에게 시가보다 저가로 양도하는 경우에는 양도소득세 부당행위계산의 부인 규정이 적용되지 아니하며, 「상속세 및 증여세법」 제35조 제2항에 따라 제 3자에게 증여세가 부과될 수 있습니다. 다만, 제3자에게 저가양도의 경우에는 시가와 대가와의 차액이 3억원까지는 과세되지 않으므로 고려하지 않습니다.
자. 특수관계가 있는경우에, 예를들면 시가 4억원의 C주택을 2.8억원에 모친에게 양도한다면, 매매계약서는 2.8억원(시가의 70%)을 기준으로 작성하되, 양도소득세 신고시에 양도가액은 4억원으로 해야 합니다.
차. 따라서 C주택 양도는 제3자에게 양도하는 경우에는 시가로 양도를 해주시고, 모친에게 양도하는 경우에는 최저 2.8억원으로 양도가 가능합니다(양도세 신고시에는 양도가액 4억원으로 입력).
Ⅳ. 별건 검토 (C주택을 장기임대주택 or 단기임대주택으로 등록하는경우)
오피스텔인 C주택을 장기·단기임대주택으로 등록하고 요건을 충족하면, 거주주택인 B주택 양도할 경우 거주주택 비과세특례(소득령 155조 20항)과 상속주택 소수지분 특례(소득령 155조 3항)의 중첩적용으로 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 있습니다. 그러나 「지방세법」 제13조의3 4호에 따라 2020.8.11. 이후 취득한 오피스텔을 임대주택으로 등록하거나 재산세 과세대상 변경신고(업무용→주거용)경우에는 주택 수에 포함되므로, C주택 등록 시 B주택 양도소득세 비과세는 가능하지만, 이후 신규 D주택을 조정대상지역에서 취득하면 C주택이 주택 수에 포함되어 취득세 중과세율(최대 8%)이 적용됩니다. 따라서 취득세 부담이 과중하므로 C주택의 임대주택 등록은 실익이 적습니다. |
Ⅴ. 결론
가. 따라서 C주택을 양도한 뒤, 1세대 1주택 요건을 충족한 B주택을 양도할 경우에는 상속주택 소수지분 특례규정에 따라 비과세 받을 수 있습니다.
나. 지방세법상 상속주택 소수지분은 주택수 산정에서 제외되므로, 신규주택 D주택을 조정대상지역에서 취득하는 경우에도 취득세는 중과되지 않습니다.
다. C주택은 제3자에게 시가로 양도하는 것이 가장 안전하며, 모친 등 특수관계인에게 양도 시에는 최저 시가의 70% 이상(예: 2.8억 원)으로 거래하고, 양도세 신고는 시가 기준(4억 원)으로 해야 부당행위계산 부인 및 증여세 과세를 방지할 수 있습니다.
Ⅵ. 관련법령
■ 소득세법 제89조 [ 비과세양도소득 ]
① 다음 각호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.(2009.12.31 개정) 1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득(2009.12.31 개정) 2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 인하여 발생하는 소득(2009.12.31 개정) 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득(2021.12.08 개정) 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택(2016.12.20 개정) 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택(2014.01.01 신설) |
■ 소득세법 시행령 제154조 [1세대1주택의 범위]
① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.(2025.02.28 개정) |
■ 소득세법 시행령 제155조 [1세대1주택 특례]
③ 제154조 제1항을 적용할 때 공동상속주택[상속으로 여러 사람이 공동으로 소유하는 1주택을 말하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택(상속받은 1주택이 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 시행으로 2 이상의 주택이 된 경우를 포함한다)을 소유한 경우에는 제2항 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다] 외의 다른 주택을 양도하는 때에는 해당 공동상속주택은 해당 거주자의 주택으로 보지 아니한다. 다만, 상속지분이 가장 큰 상속인의 경우에는 그러하지 아니하며, 상속지분이 가장 큰 상속인이 2명 이상인 경우에는 그 2명 이상의 사람 중 다음 각 호의 순서에 따라 해당 각 호에 해당하는 사람이 그 공동상속주택을 소유한 것으로 본다.(2022.02.15 개정) 1. 당해 주택에 거주하는 자(1994.12.31 개정) 2. 삭제(2008.02.22) 3. 최연장자(1994.12.31 개정) <20> 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조 제1항에 따른 인가를 받거나 같은 법 제24조 제2항에 따른 위탁을 받아 어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.(2025.02.28 개정) 1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날, 「영유아보육법」 제13조 제1항에 따른 인가를 받은 날 또는 같은 법 제24조 제2항에 따른 위탁의 계약서상 운영개시일 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것(2022.02.15 개정) 2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항의 전환 규정을 준용한다.(2020.02.11 개정) 3. 장기어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 고유번호를 부여받고, 장기어린이집을 운영하고 있을 것(2022.02.15 개정) |
■ 소득세법 시행령 제160조 [고가주택에 대한 양도차익등의 계산]
①법 제95조제3항에 따른 고가주택(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 12억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.(2022.02.15 개정) |
■ 소득세법 시행령 제167조 [양도소득의 부당행위 계산]
③법 제101조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로 한정한다.(2017.02.03 개정) 1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때 2. 그 밖에 특수관계인과의 거래로 해당 연도의 양도가액 또는 필요경비의 계산시 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때 |
■ 상증세법 제35조 [저가 양수 또는 고가 양도에 따른 이익의 증여]
① 특수관계인 간에 재산(전환사채 등 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 시가보다 낮은 가액으로 양수하거나 시가보다 높은 가액으로 양도한 경우로서 그 대가와 시가의 차액이 대통령령으로 정하는 기준금액(이하 이 항에서 "기준금액"이라 한다) 이상인 경우에는 해당 재산의 양수일 또는 양도일을 증여일로 하여 그 대가와 시가의 차액에서 기준금액을 뺀 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다. ② 특수관계인이 아닌 자 간에 거래의 관행상 정당한 사유 없이 재산을 시가보다 현저히 낮은 가액으로 양수하거나 시가보다 현저히 높은 가액으로 양도한 경우로서 그 대가와 시가의 차액이 대통령령으로 정하는 기준금액 이상인 경우에는 해당 재산의 양수일 또는 양도일을 증여일로 하여 그 대가와 시가의 차액에서 대통령령으로 정하는 금액을 뺀 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다. |
■ 지방세법 제13조의3 [주택 수의 판단 범위]
제13조의2를 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 세대별 소유 주택 수에 가산한다. 3. 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제3조제1항제2호에 따른 "부동산에 대한 공급계약"을 통하여 주택을 공급받는 자로 선정된 지위(해당 지위를 매매 또는 증여 등의 방법으로 취득한 것을 포함한다. 이하 이 조에서 "주택분양권"이라 한다)는 해당 주택분양권을 소유한 자의 주택 수에 가산한다. 4. 제105조에 따라 주택으로 과세하는 오피스텔은 해당 오피스텔을 소유한 자의 주택 수에 가산한다.(2020.08.12 신설) |
■ 지방세법 시행령 제28조의4 [주택 수의 산정방법]
① 법 제13조의2제1항제2호및제3호를 적용할 때 세율 적용의 기준이 되는 1세대의 주택 수는 주택 취득일 현재 취득하는 주택을 포함하여 1세대가 국내에 소유하는 주택, 법 제13조의3제2호에 따른 조합원입주권(이하 "조합원입주권"이라 한다), 같은 조 제3호에 따른 주택분양권(이하 "주택분양권"이라 한다) 및 같은 조 제4호에 따른 오피스텔(이하 "오피스텔"이라 한다)의 수를 말한다. 이 경우 조합원입주권 또는 주택분양권에 의하여 취득하는 주택의 경우에는 조합원입주권 또는 주택분양권의 취득일(분양사업자로부터 주택분양권을 취득하는 경우에는 분양계약일을 말하고, 주택분양권의 매매ㆍ교환 및 증여를 통하여 1세대 내에서 동일한 주택분양권에 대한 취득일이 둘 이상이 되는 경우에는 가장 빠른 주택분양권의 취득일을 말한다)을 기준으로 해당 주택 취득 시의 세대별 주택 수를 산정한다.(2020.08.12. 신설, 2024.12.31 개정) ⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 상속으로 여러 사람이 공동으로 1개의 주택, 조합원입주권, 주택분양권 또는 오피스텔을 소유하는 경우 지분이 가장 큰 상속인을 그 주택, 조합원입주권, 주택분양권 또는 오피스텔의 소유자로 보고, 지분이 가장 큰 상속인이 두 명 이상인 경우에는 그 중 다음 각 호의 순서에 따라 그 주택, 조합원입주권, 주택분양권 또는 오피스텔의 소유자를 판정한다. 이 경우, 미등기 상속 주택 또는 오피스텔의 소유지분이 종전의 소유지분과 변경되어 등기되는 경우에는 등기상 소유지분을 상속개시일에 취득한 것으로 본다.(2020.08.12 신설, 2024.03.26 개정) 1. 그 주택 또는 오피스텔에 거주하는 사람 2. 나이가 가장 많은 사람 |
| ※ 본 의견서는 납세자의 내용 전달에 따라 작성된 내용이며, 구체적인 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.※ |
