박정규 세무사 & 박연주 회계사와 함께하는 세금과 회계

C사는 2011. 7. 6. 서울지방국세청으로부터 2006 사업연도부터 2010 사업연도까지의 법인세에 관한 부분조사를 하겠다는 내용의 세무조사결정처분을 받은 후 세무조사(1차 세무조사)를 받았다. 그런데, 서울지방국세청은 2012. 3. 21. 또 다시 C사에게 2009 사업연도부터 2010 사업연도에 대한 ‘법인제세 통합조사’를 하겠다는 내용의 세무조사결정처분을 내린 후, 1차 세무조사에서 조사한 항목을 조사대상에서 제외한 채 세무조사(2차 세무조사)를 실시하였고, 이에 대해 C사는 2차 세무조사결정처분이 중복조사에 해당한다는 이유로 그 취소를 구하는 소를 제기하였다.

이에 대하여 원심은 “2차 세무조사가 1차 세무조사와 같은 세목이나 같은 과세기간에 해당한다고 할지라도 그 조사대상이 실질적으로 서로 다르므로 중복조사금지의 원칙에 위배된다고 할 수 없다”고 판단하였다.

그러나 대법원은 “세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 국세기본법에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다”라고 하면서 원심을 파기하고 사건을 서울고등법원으로 돌려보냈다.

각 개별세법¹⁾ 은 세무공무원에게 질문조사권 즉, ‘과세요건사실에 관하여 납세의무자 또는 관계인에게 필요에 따라 질문을 하거나 장부, 서류 기타 물건을 조사하거나 제출을 명할 수 있는 권한’을 인정하고 있는데, 세무공무원이 이러한 질문조사권을 행사하여 과세요건 충족여부를 조사하고 과세에 필요한 자료를 수집하는 일련의 행위를 세무조사라고 한다.

1) 예: 법인세법 제122조(질문ㆍ조사)
법인세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 그 직무수행에 필요한 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대하여 질문하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다.

부가가치세법 제74조(질문ㆍ조사)
① 부가가치세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 부가가치세에 관한 업무를 위하여 필요하면 납세의무자, 납세의무자와 거래를 하는 자, 납세의무자가 가입한 동업조합 또는 이에 준하는 단체에 부가가치세와 관계되는 사항을 질문하거나 그 장부ㆍ서류나 그 밖의 물건을 조사할 수 있다.
② 납세지 관할 세무서장은 부가가치세의 납세보전 또는 조사를 위하여 납세의무자에게 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 제출하게 하거나 그 밖에 필요한 사항을 명할 수 있다.

이들 규정이 세무공무원에게 강제조사권을 인정하는 것은 아니지만, 세무공무원의 질문에 대하여 거짓으로 진술을 하거나 그 직무집행을 거부 또는 기피한 경우 2,000만원 이하의 과태료에 처분을 받을 수 있기 때문에(조세범처벌법 제17조 제5호), 결국 세무조사의 상대방으로서는 세무공무원의 질문에 대답하고 조사를 수인할 의무를 부담하게 된다.

세무조사의 유형은 그 구별기준에 따라 ① 최근 4 과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 않은 납세자에 대하여 업종, 규모 등을 고려하여 신고내용의 적정성 여부를 검증할 필요가 있거나 무작위추출방식에 의하여 표본조사를 하는 등의 경우에 정기적으로 신고의 적정성 여부를 검증하기 위하여 하는 ‘정기세무조사’와 ② 납세자에 대한 구체적인 탈세제보가 있거나 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 등의 경우에 하는 ‘특별세무조사’로 구분할 수 있고, 특정 항목ㆍ부분 또는 거래 일부의 적정 여부를 검증하는 ‘부분조사’와 조사대상 과세기간의 신고사항에 대한 적정여부를 전반적으로 검증하는 ‘전부조사’로 구분할 수도 있다.

개별세법에 규정된 세무조사의 요건은 다음과 같다.

세법은 세무조사권의 행사요건을 ‘직무수행상 필요한 때’, ‘업무를 위하여 필요한 때’ 등으로 규정하고 있는데, 여기서 ‘필요한 때’라는 것은 ‘객관적인 필요성이 인정되는 때’라고 해석된다. 따라서 객관적인 필요성이 인정되지 않는 경우에 세무조사를 행하는 것은 위법하므로, 이에 대한 답변의무 또는 수인의무가 발생하지 않는다. 다만, 조사의 필요가 있는지, 언제 누구에 대하여 어떤 질문을 하고 언제 어떤 물건을 검사할 것인가 하는 문제는 전문기술적인 판단을 필요로 하기 때문에, 세무공무원의 합리적인 재량에 광범위하게 위임되어 있다고 보는 것이 일반적이다.

질문, 조사의 상대방은 ‘본인 등에 대한 조사’와 ‘거래상대방 등에 대한 조사’로 나눌 수 있다. ‘본인 등에 대한 조사’는 구체적인 납세의무가 확정된 납세의무자, 체납자, 납세관리인 등에 대한 조사를 말하고, ‘거래상대방 등에 대한 조사’는 원천징수의무자와 지급조서제출의무자, 토지 등 매매계약서 작성자, 체납자인 법인의 주주 등에 대한 조사를 말한다.

질문의 대상에는 과세요건사실에 관련되는 모든 사항, 압류할 재산의 소재와 수량을 아는 데 필요한 모든 사항이 포함되고, 조사의 대상은 장부, 서류 기타 물건이다.

세무공무원은 사전에 통지하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없는 경우 외에는 원칙적으로 조사를 시작하기 10일 전에 납세자에게 조사대상 세목, 조사기간 및 사유 등을 통지하여야 한다. 또한 세무공무원은 세무조사를 시작할 때 조사원증을 납세자 또는 관련인에게 제시한 후 납세자권리헌장을 교부하고 그 요지를 직접 낭독해주어야 하며, 조사사유, 조사기간, 권리구제절차 등을 설명해야 한다. 납세자는 변호사, 공인회계사 또는 세무사를 조사에 참여하게 하거나 의견을 진술하게 할 수 있다.

위와 같은 규정은 강행규정으로서 이에 반하는 세무조사는 위법하므로, 상대방은 그에 대하여 답변 또는 수인할 의무가 없다.

국세기본법은 원칙적으로 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 실시할 수 없도록 규정하고 있다.

그러나 예외적인 경우에는 재조사가 허용되는데, 국세기본법이 규정한 예외사유는 ① 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, ② 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, ③ 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우, ④ 심사청구, 이의신청 또는 심판청구의 인용에 따른 필요한 처분의 결정 또는 과세전적부심사청구의 인용에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우, ⑤ 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우, ⑥ 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우, ⑦ 조세범처벌절차법에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등이다.

위 사안에서 과세관청은 C사에 대한 1차 세무조사에서 2006 사업연도부터 2010 사업연도까지의 법인세에 대한 부분조사를 실시하였고, 2차 세무조사에서는 2009 사업연도와 2010 사업연도의 법인제세 통합조사를 실시하면서 1차 세무조사의 대상이었던 부분을 조사 대상에서 제외하였기 때문에, 이러한 경우에는 1차 세무조사와 2차 세무조사의 실질적인 조사대상이 서로 다르니 중복조사가 아니라고 볼 여지가 있다²⁾.

2) 만약 과세관청이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 전부조사를 한 후 다시 같은 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사(전부조사이건 부분조사이건)를 하는 경우라면, 이는 명백히 국세기본법이 금지하는 중복조사에 해당한다.

그러나 대법원은 ① 국세기본법상 세목과 과세기간을 기준으로 재조사에 해당하는지를 판단하여야 하는 점, ② 세무조사를 시작하기 전에 ‘조사대상 세목’을 통지하여야 하는 점, ③ 세무조사의 단위를 구분하는 원칙적인 기준이 과세기간과 세목인 점, ④ 특정한 세목만을 조사할 필요가 있는 등 예외적인 경우를 제외하고는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고ㆍ납부의무가 있는 세목을 통합하여 세무조사를 실시하는 것이 원칙인 점, ⑤ 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, ⑥ 재조사를 금지하는 입법취지에는 세무조사기술의 선진화도 포함되어 있는 점 등을 이유로 들면서, “세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 국세기본법에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다”라고 하면서 2차 세무조사결정처분이 중복조사에 해당한다고 판단하였다.

다만, 대법원은 “당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는, 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법에서 금지하는 재조사에 해당하지 않는다”고 하였다.

과세관청이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 전부조사를 한 후 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 경우가 명백한 중복조사에 해당하는 것과 달리, 과세관청이 당초 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 부분조사를 한 이후 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 하는 경우가 중복조사에 해당하는지 여부에 대하여는 논란이 있어왔는데, 동 대법원 판결은 이러한 논란에 종지부를 찍은 것으로 평가되며, 그간 과세관청이 조사 항목을 바꾸어가며 사실상 재조사를 해오던 관행에도 향후 큰 영향을 미칠 것으로 보인다.