박정규 세무사 & 박연주 회계사와 함께하는 세금과 회계

- 신청인은“丙”의 요청에 의하여 丙이 공동사업자의 공동대표로 있는“乙”를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급함.

- “丙”이 신청인 소유의 공장용 건물을 취득하여 부동산임대업을 영위하려고 하였던 것으로 실제 공급받는 자가“丙”인데도 불구하고

- “丙”이 대표로 되어 있는“乙”을 공급받는 자로 하여 세금계산서가 잘못 발급됨.

대법원 판례(대법원 2011두6844, 2011.6.24.)에 따르면, 청구법인의 퇴직급여충당금도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 포함되는 것으로 보아야 한다.

퇴직급여는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 인건비에 포함되지 않는 것으로 일관되게 해석하여 왔고, 2012.2.2. 「조세특례제한법 시행령」 별표6을 같은 취지로 명확하게 개정하였으므로, 청구주장은 받아들이기 어렵다.

퇴직급여충당금은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상인 인건비에 포함되지 않는 것으로 보아 경정거부한 처분의 당부

(1) 조세특례제한법 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.(이하 각 호 생략)

② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 별표 6의 비용을 말한다.

[별표 6] 연구ㆍ인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항관련)

구분	비용
1. 기술개발	가. 자체기술개발 ① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비

※ 참조 : 2012.2.2. 개정된 내용

[별표 6] <개정 2012.2.2.> 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

구분	비용
1. 연구개발	가. 자체연구개발 1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비(「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금은 제외한다)

(3) 참고 : 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1 【연구 및 인력개발준비금의 사용기준 등】 ① 영 별표 5 및 별표 6에서 규정하는 용어의 정의 및 그 적용범위는 다음 각호와 같다.

(1) 심판청구서, 청구법인의 법인세 신고서, 국세통합전산망(TIS) 자료 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다.

(2) 살피건대, 청구법인은 퇴직급여충당금도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 포함되는 것이라고 주장하나, 「법인세법」은 수익에 비용을 합리적으로 대응시켜 과세소득을 산출하는 것이 그 목적이나, 「조세특례제한법」은 이와 달리 특정분야에 대한 세제지원을 통해 소기의 국가정책목적을 달성하는데 있기 때문에 일몰기한을 설정하고 최소한의 범위에서 특정기간 동안에만 일정요건의 비용 또는 투자금액에 대해 세액공제 등을 적용하는 것으로, 이와 같이「법인세법」과 「조세특례제한법」은 서로 다른 기준 및 목적에 따라 운영되는 법률이어서「법인세법」에서 손금으로 인정된다고 하여「조세특례제한법」에서도 당해 손금액을 세액공제 대상으로 볼 수는 없다고 보이고, 처분청이 제시한「조세특례제한법」기본통칙 9-8…1은 구「조세감면규제법」기본통칙 2-5-12…16을 「조세특례제한법」 신설시에도 유지한 것으로 1993.4.1. 신설된 이후 현재까지 동일하게 유지되어 온 것이어서 이미 납세자에게도 통일된 세법해석 기준으로 장기간 인식되었다고 보이며, 2012.2.2. 시행된「조세특례제한법 시행령」(대통령령 제23590호) 별표6에서도 연구ㆍ인력개발비가 적용되는 인건비의 범위에서 퇴직급여충당금을 제외하도록 규정하고 있는 점, 또한,「조세특례제한법」상의 연구ㆍ인력개발비에 대해 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는 바, 이는 해당 과세연도에 연구ㆍ인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려운 점 등을 종합할 때, 처분청이 퇴직급여충당금을 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에 포함되지 않는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2011부1401, 2012.2.16., 조세심판관 합동회의, 같은 뜻임).