퇴직급여충당금 전입액의 R&D세액공제 대상 여부에 관한 논쟁 일단락
연구전담부서에 근무하는 연구원에 대한 퇴직급여충당금 전입액이 R&D 세액공제 대상 인건비에 포함되는지 여부 -이동건-
쟁점
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연구전담부서에 근무하는 연구원에 대한 퇴직급여충당금 전입액이 R&D 세액공제 대상 인건비에 포함되는지 여부(대법2013두24310, 2014. 3. 13.) |
사실관계
○ 원고는 각종 차량과 동 부분품의 제조 판매업을 영위하는 회사로 기업부설연구소를 운영함.
○ 원고는 2008~2010 사업연도 법인세 신고 시 제외하였던 기업부설연구소 근무 직원의 국민연금, 건강보험료 사용자 납입액, 퇴직급여충당금 전입액을 인건비로 보아 R&D세액공제 대상에 포함하여 2012. 3. 31. 법인세 감액경정청구를 함.
○ 피고는 국민연금 및 건강보험료 사용자 납입액을 R&D세액공제대상에 포함하여 법인세를 감액경정하였으나 퇴직급여충당금 전입액에 대해서는 기각함.
관련조문
(1) 조세특례제한법 시행령 별표6
① 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것
| 연구ㆍ인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련) | ||||
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② 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정 후
| 연구ㆍ인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련) | ||||
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(2) 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1 【연구 및 인력개발비의 용어 정의 등】
① 영 별표 6에서 규정하는 용어의 정의 및 그 적용범위는 다음 각 호와 같다.
1. “인건비”라 함은 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며, 「소득세법」 제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다.
진행현황 및 판결요지(대법2013두24310, 2014. 3. 13.)
(1) 진행현황
전심 : 서울고법 2013누13534, 2013. 10. 23, 원고승
서울행법 2012구합44058, 2013. 4. 12, 원고승
심사법인2012-40, 2012. 10. 22, 일부인용
서울행법 2012구합44058, 2013. 4. 12, 원고승
심사법인2012-40, 2012. 10. 22, 일부인용
(2) 대법원 판결 요지
다음과 같은 사유로 퇴직급여충당금은 구 조세특례제한법 제10조 제1항의 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당한다는 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리ㆍ판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송함.
√ 조세특례제한법상 연구ㆍ인력개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있으므로(대법99두8718, 2001. 1. 19. 참조), 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 할 것임.
√ 그런데 퇴직금과 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용이라고 볼 수 없음.
√ 퇴직급여충당금은 법인세법상 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입될 수 있다고 하더라도 이는 적정한 기간손익의 계산을 위하여 합리적으로 그 비용액을 추산한 것에 불과한 것이어서 이를 반드시 정책적 목적의 조세특례제한법 상 세액공제 대상인 인건비에 해당한다고 볼 것은 아님.
판결의미
○ 본 사건의 쟁점은 연구전담부서에 근무하는 연구원에 대한 퇴직급여충당금 전입액이 R&D 세액공제 적용 대상 인건비에 포함되는지 여부임.
○ 관련 법령인 조세특례제한법(이하 ‘조특법’)에서는 인건비에 대한 명확한 정의가 없어, 퇴직급여충당금 전입액이 R&D세액공제 대상 인건비인지 여부에 대하여 논란이 있어 왔음. 이에 2012년 2월 2일 조특법 시행령 별표 6 개정시 R&D세액공제 적용대상 비용을 정함에 있어, 기존 조특법 기본통칙 등의 내용을 종합하여 “①소득세법 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액과 ②소득세법 제29조 및 법인세법 제33조에 따른 퇴직급여충당금”을 R&D세액공제 대상 비용에서 제외하는 것으로 개정하였음.
○ 상기 조특법 시행령 개정 전에도 조특법 기본통칙 9-8…1에서 “R&D세액공제 대상 인건비에 소득세법 제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다”라고 규정하고 있었으나, 동 기본통칙이 납세자를 기속하는 효력이 있는 법규가 아니라는 견해 등으로 인하여 국세청, 조세심판원 및 법원의 입장은 다음과 같이 상이하였음.
| 구 분 | 퇴직급여충당금 전입액이 R&D 세액공제 적용 대상인지 여부 | |
| 국세청 | R&D세액공제 대상 아님(심사법인2012-40, 2012. 10. 22., 서면2팀-1985, 2007. 1. 1., 법인-11, 2012. 1. 6.) | |
| 조세심판원 | R&D세액공제 대상 아님(조심2013구3746, 2013. 11. 6., 조심 2012중3069, 2012. 12. 31. 등) | |
| 법원 | 1심 | R&D세액공제 대상임(서울행법2009구합23273, 2010. 7. 23., 부산지법2012구합2307, 2013. 5. 10.) |
| 2심 | R&D세액공제 대상임(서울고법2010누25635, 2011. 2. 10., 부산고등법원2013누1379, 2013. 9. 25.) | |
○ 상기 서울고등법원의 판결(서울고법2010누25635, 2011.02.10)에 대하여 피고가 상고하였으나, 대법원에서는 심리불속행＊ 기각 판결(대법2011두6844, 2011. 6. 24.)하여, 그 동안은 대법원이 퇴직급여충당금도 R&D세액공제 대상으로 인정한 것으로 인식되어 왔음.
＊심리불속행 제도란 상고이유에 중대한 법령위반에 관한 사항 등 상고심을 법률심으로 순화시키기에 걸맞는 사유가 포함되어 있지 않으면 상고이유의 당부에 대해 더 이상 본안심리를 속행하지 아니하고, 판결로 상고기각 하여 추려내는 제도
○ 즉, 서울고등법원(2010누25635)은 위 쟁점에 대하여 다음과 같이 판시함.
√ 법인세법 제33조는 내국법인이 각 사업연도에 임원 또는 사용인의 퇴직급여에 충당하기 위하여 기업회계상 퇴직급여충당금을 손금으로 계상한 경우 법인세법상 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 일정한 범위 내에서 이를 손금에 산입한다고 규정
√ 퇴직급여충당금은 인건비와 마찬가지로 법인세법상 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입되는 점
√ 인건비는 그 명칭 여하에 불구하고 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 일체의 것을 말한다고 할 것인데, 퇴직급여충당금은 법인이 퇴직금을 당해 임원 또는 사용인의 재직기간 중의 각 기간에 사전 분배하여 매기마다 일정액을 비용으로 적립한 것으로서 이 충당금으로 퇴직금이 지급되는 것이므로, 퇴직급여충당금에 대하여 이 사건 과세특례규정을 적용하더라도 그 입법취지에 반하지 않는 점
√ 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1은 조세특례제한법 시행령 별표 5의 ‘인건비’에는 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 않는다는 취지로 규정하고 있으나, 이는 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행 기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아닌 점
○ 그러나, 상기 대법원의 심리불속행 기각 판결(대법2011두6844, 2011. 6. 24.)은 엄밀히 말해 대법원이 퇴직급여충당금 전입액이 R&D 세액공제 적용 대상 인건비 해당 여부에 대해 판단을 하지 않은 것으로 보는 것이 타당함. 즉, 본 대법원 판례(대법2013두24310, 2014. 3. 13.)에서 비로소 동 쟁점에 대하여 명확히 판단을 하였으며, 이에 퇴직급여충당금 전입액이 R&D 세액공제 적용 대상 인건비라는 원심판결을 파기하고 서울고등법원에 환송하였음.
○ 본 판례에서 대법원은 기존 조세심판원ㆍ국세청의 입장과 유사하게 퇴직급여충당금 전입액에 대하여 다음의 사유로 R&D세액공제 대상 인건비에 해당하지 아니한다고 판결하여, 동 쟁점에 대한 납세자와 과세관청간의 분쟁은 이로서 일단락된 것으로 보임.
√ 퇴직금은 근로계약이 종료되는 때 지급의무가 발생하는 후불적 임금이므로 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접 대응되는 비용이라 볼 수 없음.
√ 퇴직급여충당금은 법인세법상 적정한 기간손익의 계산을 위하여 합리적으로 그 비용액을 추산한 것에 불과하여 이를 반드시 정책적 목적의 조세특례제한법 상 세액공제 대상인 인건비에 해당한다고 볼 것은 아님.
○ 그러나, 임직원이 장기간 근로를 제공한 대가로 지급하기 위한 퇴직금을 매년 발생기준에 따라 비용으로 계상한 퇴직급여충당금 전입액은 인건비임이 명백한데도 불구하고 특별한 사유 없이 R&D 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위를 축소하여 판단한 것은 아쉬운 점으로 남음.
○ 참고로, ‘중간정산퇴직급여가 R&D세액공제 대상에 해당되는지 여부’에 대해 다투었던 부산고등법원2013누1379의 상고심에 대하여도 대법원에서는 동일자에 파기환송한 것으로 파악되는 바, 대법원은 퇴직급여 성격의 비용에 대하여 R&D 세액공제를 인정하지 않는 입장인 것으로 판단됨.
