세법상 중소기업의 범위

세법상 중소기업의 범위

이영우 선생님

요약 중소기업 범위에 대한 규정인 중소기업기본법 시행령과 조세특례제한법이 여러차례 개정되어 중소기업의 범위도 변화가 있었는바, 현행 조세특례제한법상 중소기업의 요건에 대해 알아본다. 법인세법에 있어서 중소기업의 해당 여부가 세무조정시 여러 가지 항목에 있어서 많은 차이가 있게 되는바, 각 항목별 세무조정을 하기 이전에 중소기업의 판정에 대하여 살펴보기로 하자. 1. 개요 중소기업의 요건 구분 적용요건 ⑴ 업종기준　 중소기업 해당 사업을 주된 사업으로 영위할 것　 ⑵ 규모기　 업종별로 종업원수 또는 자본금, 종업원수 또는 매출액이 중소기업기본법 시행령 [별표 1]의 규모기준 이내일 　 ⑶ 독립성기준　 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 규정하는 독립성기준에 적합할 것 ① 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것 ② 직전 사업연도종료일 현재 자산총액이 5천억원 이상인 법인이 주식 등의 30% 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 최다출자자인 기업이 아닐 것 ③ 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 상시근로자수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액이 졸업기준을 초과하는 기업이 아닐 것(2012.1.1.부터 시행)　 ⑷ 중소기업 졸업기준　 다음 중 어느 하나라도 해당시에 중소기업에서 제외됨. ① 종업원수：1,000명 이상 ② 자기자본：1,000억원 이상 ③ 매 출 액：1,000억원 이상 ④ 자산총액：5,000억원 이상　 2. 업종기준 1) 중소기업 해당 사업 다음 각호의 사업(이하 “중소기업 해당 사업”이라 한다)을 주된 사업으로 하는 법인이어야 한다「조세특례제한법 시행령」제2조 ①). 이 경우 중소기업 해당 사업은 조세특례제한법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는「통계법」제22조의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한다. 다만, 한국표준산업분류가 변경되어 조세특례제한법에 따른 조세특례를 적용받지 못하게 되는 업종은 한국표준산업분류가 변경된 사업연도와 그 다음 사업연도까지는 변경 전의 한국표준산업분류에 따른 업종에 따라 조세특례를 적용한다(「조세특례제한법」제2조 ③ 후단). ① 작물재배업 ② 축산업 ③ 어업 ④ 광업 ⑤ 제조업 제조업에는 제조업과 유사한 사업을 포함한다(「조세특례제한법 시행령」제2조 ①). 제조업과 유사한 사업이란 자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 제조업체(사업장이 국내 또는「개성공업지구 지원에 관한 법률」제2조 제1호에 따른 개성공업지구에 소재하는 업체에 한한다)에 의뢰하여 제조하는 사업으로서 그 사업이 다음 각 호의 요건을 충족하는 경우를 말한다(「조세특례제한법 시행규칙」제2조 ①). 가. 생산할 제품을 직접 기획(고안.디자인 및 견본제작 등을 말한다)할 것 나. 해당 제품을 자기명의로 제조할 것 다. 해당 제품을 인수하여 자기책임 하에 직접 판매할 것 따라서 위의 요건을 모두 충족하는 법인이 자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 국외에 소재하는 제조업체에 의뢰하여 제품을 제조하는 경우에도 동 사업은 제조업의 범위에 포함되지 아니하며(조세지출예산과-421, 2004.6.18., 서면2팀-454, 2004.3.16.), 도매업에 해당된다(서면2팀-1309, 2006.7. 12.). 또한 위 규정의 요건을 충족하더라도 주문자상표부착방식(OEM)에 대한 수탁생산업은 제조업이 될 수 없다. ⑥ 하수.폐기물처리(재활용을 포함한다).원료재생 및 환경복원업 ⑦ 건설업 ＊법인이 직접 건설활동을 수행하지 않고 건설업자에게 의뢰하여 주거용 및 비주거용 건물을 건설하고, 이를 분양ㆍ판매하는 사업을 영위함에 따라 한국표준산업분류상 부동산공급업으로 분류되는 경우에는「조세특례제한법 시행령」제2조의 규정에 의한 중소기업에 해당하지 아니한다(서면2팀-383, 2006.2.21., 서면2팀-572, 2005.4.19.). ⑧ 도매 및 소매업 ⑨ 운수업 중 여객운송업 ⑩ 음식점업 ⑪ 출판업 ⑫ 영상.오디오기록물제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다) ⑬ 방송업 ⑭ 전기통신업 ⑮ 컴퓨터 프로그래밍ㆍ시스템 통합 및 관리업 (16) 정보서비스업 (17) 연구개발업 (18) 광고업 (19) 그 밖의 과학기술서비스업 (20) 포장 및 충전업 (21) 전문디자인업 (22) 전시 및 행사대행업 (23) 창작 및 예술 관련 서비스업 (24) 인력공급 및 고용알선업(농업노동자공급업을 포함한다) (25) 콜센터 및 텔레마케팅서비스업 (26) 학원의 설립.운영 및 과외교습에 관한 법률에 따른 직업기술분야를 교습하는 작업기술 분야 학원 (27) 엔지니어링기술진흥법에 따른 엔지니어링 활동을 제공하는 엔지니어링사업(기술사법의 적용을 받는 기술사의 엔지니어링 활동을 포함한다. 이하 “엔지니어링사업”이라 한다) ＊기계설비 소방설비에 대한 설계ㆍ감리업은 엔지니어링사업에 포함된다(법인46012-667, 2000.3.13.). (28) 물류산업 물류산업이라 함은 운수업 중 화물운송업, 화물취급업, 보관 및 창고업, 화물터미널운영업, 화물운송중개.대리 및 관련 서비스업, 화물포장.검수 및 형량서비스업 및 항만법에 의한 예선업과 기타 산업용 기계장비임대 업 중 파렛트임대업(이하 “물류산업”이라 한다)을 말한다(「조세특례제한법 시행령」제5조 ⑧). (29)위탁자로부터 주문자상표부착방식에 따른 제품생산을 위탁받아 이를 재위탁하여 제품을 생산.공급하는 수탁생산업 (30) 자동차정비공장(「자동차관리법 시행규칙」제131조의 규정에 의한 자동차 종합정비업 또는 소형자동차 정비업의 사업장)을 운영하는 사업 (31) 해운법에 따른 선박관리업 (32) 의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업 (33) 관광진흥법에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다) (34) 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업 (35)「노인장기요양보험법」제32조에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업 (36) 전시산업발전법에 따른 전시산업을 주된 사업으로 영위하는 기업 (37) 「에너지이용합리화법」제25조에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업 (38) 근로자직업능력개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업 (39) 건물 및 산업설비청소업 (40) 경비 및 경호서비스업 (41) 시장조사 및 여론조사업 2) 2 이상의 서로 다른 사업을 겸영하는 경우 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 보아 중소기업의 해당 여부를 판정한다(조특령 2 ③). 중소기업 해당 업종에 속하는 2개 이상의 사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우에도 사업별 수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 보아 중소기업을 판정한다(법인 46012－768, 1998.3.28. ; 서이 46012－10106, 2001.9.5.). 3. 종업원수, 자본금 또는 매출액기준(규모기준) 중소기업 해당 사업을 주된 사업으로 하는 법인으로서 업종별로 종업원수 또는 자본금, 종업원수 또는 매출액이 중소기업기본법 시행령 [별표1]상의 중소기업기준 이내이어야 한다(「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항). 법인이 중소기업의 요건을 새로이 충족한 경우에는 충족하게 된 사업연도개시일로부터 중소기업에 해당되는 것으로 본다. 중소기업기본법 시행령 [별표1] 중소기업의 업종별 상시근로자수ㆍ자본금 또는 매출액의 규모기준(2011.12.28. 개정) [참고] 아래의 규모기준은 제조업, 광업, 건설업 및 운송업에 있어서는 상시근로자수 또는 자본금 중 하나만 충족하면 되고, 기타 업종은 상시근로자수 또는 매출액 중 하나만 충족하면 된다. 해당업종 분류부호 규모기준 제조업 C 상시근로자수 300명 미만 또는 자본금 80억원 이하 광업 B 상시근로자수 300명 미만 또는 자본금 30억원 이하 건설업 F 운수업 H 출판, 영상,방송통신및정보서비스업 J 상시근로자수 300명 미만 또는 매출액 300억원 이하 사업시설관리 및 사업지원서비스업 N 전문, 과학 및 기술서비스업 M 보건업 및 사회복지 서비스업 Q 농업, 임엄 및 어업 A 상시근로자수 200명 미만 또는 매출액 200억원 이하 전기, 가스, 증기 및 수도사업 D 도매 및 소매업 G 숙박 및 음식점업 I 금융 및 보험업 K 예술, 스포츠 및 여가 관련 서비스업 R 하수.폐기물처리, 원료재생 및 환경복원업 E 상시근로자수 100명 미만 또는 매출액 100억원 이하 교육서비스업 P 수리 및 기타 개인서비스업 S 부동산업 및 임대업 L 상시근로자수 50명 미만 또는 매출액 50억원 이하 해당 업종의 분류 및 분류부호는「통계법」제22조에 따라 통계청장이 고시한 한국표준산업분류에 따른다. [주의] 중소기업기본법상에는 업종의 제한 없이 위 규모기준만 충족하면 중소기업에 해당된다. 그러나 중소기업기본법상의 중소기업 해당 업종에 속하더라도 조세특례제한법상에 열거된 업종이 아닌 경우(예컨대 전기ㆍ가스ㆍ수도사업, 금융ㆍ보험업, 부동산업)에는 세법상 중소기업이 될 수 없다. 법인이 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우 주된 사업을 기준으로 중소기업 해당 여부를 판정함에 있어서 종업원수.자본금 또는 매출액의 요건은 당해 법인이 영위하는 사업 전체의 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액을 기준으로 하여 판정한다(조세특례제한법 기본통칙 4-2…1, 법인46012-2159, 1998.8.1., 서면2팀-2491, 2006.12.6., 서면2팀-2513, 2006.12.8.). 1) 상시 사용하는 종업원수 기준 중소기업의 해당 여부를 판정하는 상시사용하는 종업원수는 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자[주주인 임원, 「소득세법 시행령」제20조에 따른 일용근로자, 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 제1항 제2호에 따른 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구전담요원 및 근로기준법 제2조 제1항 제8호에 따른 단시간근로자(이하 “단시간근로자”라 한다) 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 미만인 근로자는 제외한다]수로 한다. 이 경우 종업원수는 해당 사업연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로 하여 계산하며, 단시간근로자 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산한다(「조세특례제한법 시행규칙」제2조 ②). 위 내용 중 단시간근로자에 관한 규정은 2011.4.7.이 속하는 사업연도분부터 적용한다(기획재정부령 제204호, 2011.4.7., 조특칙 부칙 2). 예) 사업연도가 1.1.~12.31.인 법인의 상시사용하는 종업원수 상시사용하는 종업원수＝( 1월말 현재 인원＋2월말 현재 인원＋…＋12월말 현재 인원 ) / 12 이때 주주인 임원은 소액주주인가의 여부를 불문하며, 주주 이외의 출자자도 포함된다고 본다. 한편, 임원에 관하여 별도의 정한 바가 없으므로 법인세법 시행령 제43조 제6항 규정을 준용하여야 할 것이다. ✽파견근로자는 당해 파견근로자를 고용(파견)한 파견사업주의 종업원에 해당하며, 사용사업주의 종업원에 해당하지 아니한다(서이46012-10326, 2003.2.13. ; 조예 46019－43, 2003.2.4.). ✽✽과학기술부장관에게 인정받지 않은 기업부설연구소의 연구전담요원은 기술개발촉진법 시행령 제15조 제1항의 연구전담요원에 해당되지 아니하여 ‘상시사용하는 종업원수’에 해당된다(법인세과－358, 2009.3.27.). 또한 교육과학기술부고시 제2008－121호(2008.8.1.) 제2조 제2항의 연구보조원과 연구관리직원은 기업부설연구소의 연구전담요원에 포함되지 아니한다(법인세과-812, 2009.7.15.) 2) 자본금 중소기업기준을 판정함에 있어서 ‘자본금’이라 함은 다음 각호의 금액을 말한다(「조세특례제한법 시행규칙」제2조 ⑥). ① 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조 제15항 제3호에 따른 주권상장법인과「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조의 규정에 의한 외부감사의 대상이 되는 기업 당해 사업연도종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표(이하 ‘재무상태표’라 한다) 자본금과 자본잉여금을 합한 금액 외부회계감사 대상법인의 자본금＝기말 재무상태표상의 자본금＋자본잉여금＊ ＊자본잉여금은 주식발행초과금, 재평가적립금, 감자차익, 자기주식처분이익, 기타자본잉여금 등이 있다. ② 위 ‘①’ 외의 기업 대차대조표상의 자본금과 재무상태표상의 자산에서 부채를 차감한 금액 중 큰 금액 기타 법인의 자본금＝(1), (2) 중 많은 금액 (1) 기말 재무상태표상의 자본금 (2) 기말 재무상태표상의 자산-부채 3) 매출액 중소기업기준을 판정함에 있어서 ‘매출액’이라 함은 기업회계기준에 의하여 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업.분할.합병의 경우에는 그 등기일의 다음날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 사업연도의 매출액을 연간매출액으로 환산한 금액으로 한다(「조세특례제한법 시행규칙」제2조 ④). 4. 독립성기준 1) 판단기준 중소기업이 되기 위한 세번째 요건은 실질적인 독립성이 중소기업기본법시행령 제3조 제1항 제2호의 규정에 적합하여야 한다(「조세특례제한법 시행령」제2조 ① 3호, 2012.2.2. 개정). 따라서 소유 및 경영의 실질적인 독립성이 다음 각호 모두에 해당하는 기업이어야 한다(「중소기업기본법 시행령」제3조 ①, 2011.12.28. 개정). [중소기업의 소유 및 경영의 실질적인 독립성기준(2011.12.18. 개정)] 　 독립성기준 적용시기 ① 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것[주1] ② 자산총액이 5천억원 이상인 법인[주2] 이 주식 등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 최다출자자[주3] 인 기업이 아닐 것 ③ 관계기업에 속하는 기업의 경우에는「중소기업기본법 시행령」제7조의 2에 따라 산정한 상시근로자수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액이「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 각호 외의 부분 단서에 따른 기준(아래 ‘4. 중소기업 졸업기준’을 말한다)을 초과하는 기업이 아닐 것　 2012.1.1.부터 적용 (2012.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용, 법인세과－887, 2011.11.9.) 주1：상호출자제한기업집단은 공정거래위원회(www.ftc.go.kr)에서 확인할 수 있다. 주2：자산총액 5천억원 이상 기업의 범위에는 외국법인도 포함하되, 중소기업기본법시행령 제3조의 2 제2항 각호의 어느 하나에 해당하는 다음의 자는 제외한다(「중소기업기본법 시행령」제3조 2호 나목) 1. 중소기업창업지원법에 따른 중소기업창업투자회사 2. 여신전문금융업법에 따른 신기술금융사업자 3. 벤처기업육성에관한특별조치법에 따른 신기술창업전문회사 4. 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률에 따른 산학협력기술지주회사 5. 그밖에 위 ‘1.’부터 ‘4.’까지의 규정에 준하는 경우로서 중소기업 육성을 위하여 중소기업청장이 정하여 고시하는 다음의 자 ①「자본시장 및 금융투자업에 관한 법률」제8조에 따른 금융투자업자(다만, 금융투자업자가 금융 및 보험업 이외의 업종을 영위하는 기업의 주식 등을 소유한 경우로서 해당 기업과의 관계에 한정한다) ②「자본시장 및 금융투자업에 관한 법률」제9조 제19항에 따른 사모집합투자기구(「자본시장 및 금융투자업에 관한 법률」제279조에 따라 금융위원회에 등록한 외국사모집합투자기구를 포함한다) ③「기업구조조정촉진법」제2조 제1호에 따른 채권금융기관(다만, 채권금융기관이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업의 주식 등을 소유한 경우로서 해당 기업과의 관계에 한정한다) 가.「기업구조조정촉진법」제2조 제5호에 따른 부실징후기업 나. 채권금융기관으로부터 받은 신용공여액의 합계가 500억원 미만으로서 기업구조조정촉진법을 준용하여 기업구조조정 중인 기업 다. 채무자회생및파산에관한법률에 따라 법원으로부터 회생절차 개시의 결정을 받은 기업 주3：최다출자자는 해당 기업의 주식 등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식 등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식 등의 간접소유 비율에 관하여는 국제조세조정에관한법률시행령 제2조 제2항을 준용한다(「중소기업기본법 시행령」제3조 ① 2호 나목 후단). 1. 주식 등을 소유한 자가 법인인 경우：그 법인의 임원 2. 주식 등을 소유한 자가 위 ‘1.’에 해당하지 아니하는 개인인 경우：그 개인의 친족 아울러 위 ‘독립성기준의 ②’에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외＊한다)를 포함한다. 이 경우 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여는「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 제2항을 준용한다(「조세특례제한법 시행규칙」제2조 ⑦). 참고：발행주식의 간접소유비율(「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 ②) 　 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 제1항 제1호부터 제3호 및 제5호에서 규정하는 주식의 간접소유비율은 다음 각호의 방법으로 계산한다. 1. 어느 한 쪽 법인이 다른 쪽 법인의 주주인 법인(이하 “주주법인”이라 한다)의 의결권 있는 주식의 100분의 50 이상을 소유하고 있는 경우에는 주주법인이 소유하고 있는 다른 쪽 법인의 의결권 있는 주식이 그 다른 쪽 법인의 의결권 있는 주식에서 차지하는 비율(이하 “주주법인의 주식소유비율”이라 한다)을 어느 한 쪽 법인의 다른 쪽 법인에 대한 간접소유비율로 한다. 다만, 주주법인이 둘 이상인 경우에는 각 주주법인별로 계산한 비율을 합계한 비율을 어느 한 쪽 법인의 다른 쪽 법인에 대한 간접소유비율로 한다. [사례1] ※간접소유비율：어느 한 쪽 법인(A)이 주주법인(B)의 주식을 50% 이상 소유하고 있으므로 어느 한 쪽 법인(A)의 다른 쪽 법인(C)에 대한 간접소유비율은 60%가 된다. [사례2] 2. 어느 한 쪽 법인이 다른 쪽 법인의 주주법인의 의결권 있는 주식의 100분의 50 미만을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율에 주주법인의 주식소유비율을 곱한 비율을 어느 한 쪽 법인의 다른 쪽 법인에 대한 간접소유비율로 한다. 다만, 주주법인이 둘 이상인 경우에는 각 주주법인별로 계산한 비율을 합계한 비율을 어느 한 쪽 법인의 다른 쪽 법인에 대한 간접소유비율로 한다. [사례3] ※간접소유비율：어느 한 쪽 법인(A)이 주주법인(B)의 주식을 5 0% 미만 소유하고 있으므로 어느 한 쪽 법인(A)의 다른 쪽 법인(C)에 대한 간접소유비율은 24%(40%.60%)가 된다. [사례4] ※간접소유비율：어느 한 쪽 법인(A)이 주주법인인 (X), (Y)의 주식을 50% 미만 소유하고 있으므로 어느 한 쪽 법인(A)의 다른 쪽 법인(C)에 대한 간접소유비율은 25%[(40%.40%)＋(30%.30%)]가 된다. 3. 다른 쪽 법인의 주주법인과 어느 한 쪽 법인 사이에 하나 이상의 법인이 개재되어 있고 이들 법인이 주식소유관계를 통하여 연결되어 있는 경우에도 제1호와 제2호의 계산방법을 준용한다. [사례5] ※간접소유비율：주주법인(X)의 다른 쪽 법인(C)에 대한 간접소유비율은 60%이며, 어느 한 쪽 법인(A)의 다른 쪽 법인(C)에 대한 간접소유비율 역시 어느 한 쪽 법인(A)의 주주법인(X)에 대한 소유비율이 50% 이상이므로 결국 어느 한 쪽 법인(A)의 다른 쪽 법인(C)에 대한 간접소유비율은 60%가 된다. 2) 관계기업제도의 적용에 따른 중소기업의 판정요령 관계기업제도의 기본 개념은 어떤 기업이 다른 기업의 주식 등을 소유하여 중요한 지배력을 행사할 수 있는 요건을 가진 경우, 지배.종속의 관계로 규정하고 이들 기업을 서로 독립된 기업이 아닌 하나의 기업으로 간주하여 상시 근로자 수.매출액 등을 주식 등의 소유비율만큼 합산하여 중소기업 여부를 판정하는 것이다. 다만, 지배.종속의 관계가 성립한다고 모두 관계기업인 것은 아니며, 관계기업이 성립한다고 하여 모두 중소기업에서 제외되는 것은 아니다. 즉 지배.종속의 관계가 성립하더라도 지배기업이 외부감사대상기업이 아니면 관계기업이 아니며, 관계기업이 성립하는 기업간에 주식 등 소유비율에 따라 합산하여 산정한 상시 근로자 수.매출액.자산총액 등이 규모기준을 충족하지 못하는 경우에만 중소기업에 해당하지 않는다. 관계기업제도는 중소기업기본법에서는 2011.1.1.부터 시행하지만 조세특례제한법은 2012.1. 1. 이후 개시하는 사업연도분부터 시행한다(「조세특례제한법 시행령」제2조 ① 3호, 부칙 1 단서, 2010.12.27. 개정). 그러나 2009.3.25. 신설된 중소기업기본법 시행령 및 2010.12.30. 개정된 조세특례제한법 시행령의 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 기업의 경우 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따른 유예를 적용받을 수 없다(조세특례제도과-165, 2013.2.26. 서면법규과-257, 2013.3.7.) ※「조세특례제한법 시행령」제2조제2조 제2항에 따라 중소기업 유예기간을 적용받던 내국법인이 2012년「법인세법」제46조 제2항 각호의 요건을 갖추어 물적 분할한 경우로서 2012사업연도에 분할법인과 분할신설법인이 중소기업 제3호의 “실질적인” 요건을 갖추지 못하게 된 경우 해당 분할법인과 분할신설법인은 그 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간을 적용받을 수 없다(서면법규과-286, 2013.3.14.). 다만, 중소기업기본법 시행령 [별표 2](관계기업의 상시근로자수 등의 산정기준)의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도부터 중소기업으로 보고 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유발생한 사업연도와 그 다음 3개 사업연도까지 중소기업으로 보도록 하고(「조세특례제한법 시행령」제2조 ⑤), 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용하도록 하였다(대통령령 제23590호, 2012.2.2., 「조세특례제한법 시행령」부칙 2 ①). 　 참고：관련 중소기업기본법시행령 조문 ⑴ 제2조【정의】 3. “관계기업”이란 주식회사의외부감사에관한법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. ⑵ 제3조의2【지배 또는 종속의 관계】 ① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도말일 현재 다른 국내기업을 다음 각호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 “지배기업”이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 “종속기업”이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제1조의 2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의 3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다. 1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인 나. 가목에 해당하는 개인의 친족 2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 “자회사”라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 4. 지배기업과의 관계가 제1호 각목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 다른 국내기업의 주식 등을 소유하고 있는 경우에는 그 기업과 그 다른 국내기업은 제1항에 따른 지배기업과 종속기업의 관계로 보지 아니한다. 1. 중소기업창업지원법에 따른 중소기업창업투자회사 2. 여신전문금융업법에 따른 신기술금융사업자 3. 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따른 신기술창업전문회사 4. 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력기술지주회사 5. 그밖에 제1호부터 제4호까지의 규정에 준하는 경우로서 중소기업 육성을 위하여 중소기업청장이 정하여 고시하는 자 ⑶ 제7조의4【관계회사의 상시근로자수 등의 산정】 ① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수 등✽의 산정은 [별표 2][아래 ⑷]에 따른다. ✽상시근로자수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액을 말한다. ② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식 등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유비율로 본다. ③ 제1항에 따른 상시근로자수 등은 관계기업에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수 등에 따른다. ⑷ 중소기업기본법 시행령 [별표 2]관계기업의 상시근로자수 등의 산정기준(제7조의4 제1항 관련) 1. 이 표에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 가. ‘형식적 지배’란 지배기업이 종속기업의 주식 등을 100분의 50 미만으로 소유하고 있는 것을 말한다. 나. ‘실질적 지배’란 지배기업이 종속기업의 주식 등을 100분의 50 이상으로 소유하고 있는 것을 말한다. 다. ‘직접 지배’란 지배기업이 자회사(지배기업의 종속기업을 말한다. 이하 같다) 또는 손자기업(자회사의 종속기업을 말하며, 지배기업의 종속기업으로 되는 경우를 포함한다. 이하 같다)의 주식 등을 직접 소유하고 있는 것을 말한다. 라. ‘간접 지배’란 지배기업이 손자기업의 주주인 자회사의 주식 등을 직접 소유하고 있는 것을 말한다. 2. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 형식적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 상시근로자수 등으로 보아야 할 상시근로자수 등(이하 “전체 상시근로자수 등”이라 한다)은 다음 각목에 따라 계산한다. 가. 지배기업의 전체 상시근로자수 등은 그 지배기업의 상시근로자수 등에 지배기업의 종속기업에 대한 주식 등의 소유비율과 종속기업의 상시근로자수 등을 곱하여 산출한 상시근로자수 등을 합산한다. 나. 종속기업의 전체 상시근로자수 등은 그 종속기업의 상시근로자수 등에 지배기업의 종속기업에 대한 주식 등의 소유비율과 지배기업의 상시근로자수 등을 곱하여 산출한 상시근로자수 등을 합산한다. 3. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 실질적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 전체 상시근로자수 등은 다음 각목에 따라 계산한다. 가. 지배기업의 전체 상시근로자수 등은 그 지배기업의 상시근로자수 등에 종속기업의 상시근로자수 등을 합산한다. 나. 종속기업의 전체 상시근로자수 등은 그 종속기업의 상시근로자수 등에 지배기업의 상시근로자수 등을 합산한다. 4. 지배기업이 손자기업에 대하여 간접 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 손자기업의 전체 상시근로자수 등은 다음 각목에 따라 계산한다. 가. 지배기업의 전체 상시근로자수 등은 그 지배기업의 상시근로자수 등에 지배기업의 손자기업에 대한 주식 등의 간접 소유비율과 손자기업의 상시근로자수 등을 곱하여 산출한 상시근로자수 등을 합산한다. 나. 손자기업의 전체 상시근로자수 등은 그 손자기업의 상시근로자수 등에 지배기업의 손자기업에 대한 주식 등의 간접 소유비율과 지배기업의 상시근로자수 등을 곱하여 산출한 상시근로자수 등을 합산한다. 5. 제4호에서 지배기업의 손자기업에 대한 주식 등의 간접소유비율은 다음과 같다. 다만, 자회사가 둘 이상인 경우에는 각 자회사별로 계산한 소유비율을 합한 비율로 한다. 가. 지배기업이 자회사에 대하여 실질적 지배를 하는 경우에는 그 자회사가 소유하고 있는 손자기업의 주식 등의 소유비율 나. 지배기업이 자회사에 대하여 형식적 지배를 하는 경우에는 그 소유비율과 그 자회사의 손자기업에 대한 주식 등의 소유비율을 곱한 비율 　 5. 중소기업 졸업기준 1) 개요 중소기업이 되기 위한 네번째 요건은 중소기업 졸업기준에 해당되지 아니하여야 한다(「조세특례제한법 시행령」제2조 ① 본문 단서). 중소기업이 되기 위한 규모기준은 종업원수.자본금 또는 매출액 중 하나 이상만 충족하면 중소기업이 되기 때문에 노동집약적 또는 자본집약적 초대형 중견기업이 중소기업에 포함되는 문제점이 있으므로 이를 보완하기 위한 조치로 중소기업 졸업기준을 마련하고 여기에 해당하는 경우에는 중소기업에서 제외한다. 2) 졸업기준 법인이 업종에 관계없이 종업원수, 자기자본총액, 매출액, 자산총액 중 어느 하나라도 다음의 기준에 해당하는 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다(「조세특례제한법 시행령」제2조 ① 본문 단서). ① 종업원수가 1,000명 이상인 경우 ② 자기자본이 1,000억원 이상인 경우 이때에 ‘자기자본’은 사업연도종료일 현재 기업회계기준에 의하여 작성한 재무상태표상의 자산에서 부채를 차감한 금액으로 한다(「조세특례제한법 시행규칙」제2조 ③). ③ 매출액이 1,000억원 이상인 경우 ④ 자산총액이 5천억원 이상인 경우 이때에 ‘자산총액’이라 함은 사업연도종료일 현재 재무상태표상의 자산총액으로 한다 (「조세특례제한법 시행규칙」제2조 ⑤). 6. 사업확장 등의 경우 중소기업 적용유예 1) 규모기준 초과와 졸업기준에 해당하는 경우의 적용유예 (1) 중소기업의 유예기간을 적용하는 경우 중소기업의 해당 여부를 판정함에 있어서 중소기업이 그 규모가 확대되는 등으로 다음에 해당하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 최초로* 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도와 그 다음 3개 사업연도까지는 중소기업으로 보고, 동 유예기간이 경과한 후에는 사업연도별로 앞에서 설명한 업종기준, 규모기준 및 독립성 기준 등의 중소기업 적용요건에 따라 중소기업 해당 여부를 판정한다(「조세특례제한법 시행령」제2조 ② 본문). ＊중소기업 졸업유예기간 적용횟수 제한 폐지 2011.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터는 최초 중소기업 졸업시부터 유예기간 4년 동안에는 유예기간 적용횟수의 제한을 폐지하였다. (예) 최초 중소기업 졸업→유예기간 내 중소기업 복귀→유예기간 내 일반기업이 된 경우：잔존 유예기간 동안 졸업유예 적용 ① 중소기업 규모기준을 초과하는 경우 중소기업이 상시사용하는 종업원수.자본금 또는 매출액이 중소기업기본법시행령 [별표 1]상의 중소기업 규모기준을 초과함으로써 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 중소기업의 유예기간을 적용한다. ＊조세특례제한법시행령 제2조 제2항 본문에 따라 ‘유예기간’의 적용을 받던 법인이「법인세법」제46조 제2항 각호의 요건을 갖춰 분할하거나 같은법 제47조 제1항의 규정에 따라 물적분할함에 있어, 분할신설법인이「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 제1호의 ‘규모기준’을 초과하더라도 분할당시 분할법인의 잔존 ‘유예기간’ 내에 종료하는 각 과세연도까지는 중소기업으로 본다(법인세과-776, 2010.8.20.). ② 중소기업 졸업기준에 해당하는 경우 중소기업이 다음의 중소기업 졸업기준에 해당함으로써 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 중소기업의 유예기간을 적용한다. 가. 종업원수：1,000명 이상 나. 자기자본：1,000억원 이상 다. 매출액：1,000억원 이상 라. 자산총액：5,000억원 이상 (2) 중소기업의 유예기간을 적용하지 아니하는 경우 중소기업이 다음 각호의 어느 하나의 사유로 규모가 확대되는 등 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다(「조세특례제한법 시행령」제2조 ② 단서). ① 중소기업이 중소기업기본법에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우 그러나 중소기업간의 합병시에는 유예규정을 적용받을 수 있다(법인46012-1056, 1998.4.28.). 또한 중소기업이 사업양수도계약에 의하여 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업 외의 기업으로부터 사업부문을 인수하는 것은 본 규정에 의한 합병에 해당되지 아니한다(서이46012-12010, 2003.11.21.). ②중소기업이 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우 이 경우 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 사업연도부터 중소기업으로 보지 아니한다(「조세특례제한법 시행령」제2조 ② 단서 후단, 조세특례제한법 기본통칙 4-2…5 ②). ③ 실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호의 규정(독립성 기준)에 적합한 기업 외의 기업에 해당하는 경우 ④ 창업일이 속하는 사업연도종료일부터 2년 이내의 사업연도종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 　 참고：업종변경의 경우 중소기업의 주된 사업이 중소기업 해당 업종인 다른 업종으로 변경됨으로써 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하나, 주된 사업이 중소기업 해당 사업이 아닌 사업으로 변경되어 중소기업에 해당하지 않는 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다(조세특례제한법 기본통칙 4-2…5 ①, 서면2팀-145, 2007.1.18.). 예컨대 법인의 주된 사업이 건설업에서 부동산공급업으로 변경된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다(조세지출예산과-153, 2004.3.13.). 　 [사례] 중소기업인 (주)C가 2010사업연도에 사업확장으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 2013년까지 중소기업의 유예기간을 적용하도록 하였는바, 2011년도에 규모의 축소로 다시 중소기업에 해당되었다가 2012년도에 규모의 증가로 인하여 다시 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 2012년도에 중소기업의 유예기간을 적용할 수 있는지? [해설] 2013년까지 중소기업의 유예기간을 적용한다(「조세특례제한법 시행령」제2조 ② 본문, 2010.12.27. 개정). 2011.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터는 최초 중소기업 졸업시부터 유예기간 4년 동안에는 유예기간 적용횟수의 제한을 폐지하였다. ⑵ 중소기업기본법시행령 개정시 적용유예 종전 세법규정에는 중소기업이 독립성기준에 적합하지 아니하게 된 경우 유예기간을 적용하지 아니하였으나, 2012.2.2.의 개정에 따라 기업이「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호(소유와 경영의 실질적 독립성 기준), [별표 1(규모기준)] 및 [별표 2(관계기업의 상시근로자수 등의 산정기준)]의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도부터 중소기업으로 보고 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유발생한 사업연도와 그 다음 3개 사업연도까지 중소기업으로 보도록 하고(「조세특례제한법 시행령」제2조 ⑤), 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용하도록 하였다(대통령령 제23590호, 2012.2.2., 「조세특례제한법 시행령」부칙 2조 ①). 　 중소기업기본법상 중소기업과 조세특례제한법상 중소기업의 비교 　 구분 중소기업기본법 조세특례제한법 ① 해당 업종　 　 ▪ 모든 업종　 ▪「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항에 열거된 업종에 한함.　 　 [조특법에 열거되지 않은 업종 예시]전기.가스.수도사업, 금융 및 보험업, 부동산업, 기타 서비스업 등 다수　 ② 규모기준　 ▪ 중소기업기본법시행령 [별표 1]의 업종별로 정한 상시근로자수.자본금.매출액 중 하나 이상 요건 충족 [예시] －제조업：300인 미만 또는 자본금 80억원 이하 －건설업：300인 미만 또는 자본금 30억원 이하 －도매업：200인 미만 또는 매출액 200억원 이하　 ▪ 중소기업기본법과 같음.　 ③ 독립성기준　 　 ▪ 상호출자제한기업집단 제외　 ▪ 중소기업기본법과 같음.　　 ▪ 자산총액 5,000억원 이상인 회사가 30% 이상의 지분을 직.간접적으로 소유하면서 최다출자자인 회사를 제외(다만, 자산총액 5,000억원 이상인 회사가 창업투자회사, 사모집합투자기구, 금융투자업자일 경우에는 적용하지 않음)　 ▪ 중소기업기본법과 같음. ▪ 다만, 집합투자기구를 통해 간접적으로 소유한 경우는 적용하지 않음.　 　 ▪ 관계기업제도 적용(2011.1.1.부터) ▪ 관계기업간에 합산한 상시근로자수 등이 업종별 규모기준 및 졸업기준을 충족하지 못하면 중소기업에서 제외　 ▪ 관계기업제도 적용(2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도부터) ▪ 관계기업간에 합산한 상시근로자수 등이 졸업기준을 충족하지 못하는 경우에만 중소기업에서 제외　 ④ 졸업기준　 ▪ 상시근로자수 1,000명 이상 ▪ 자산총액 5,000억원 이상 ▪ 자기자본 1,000억원 이상(2012.1.1.부터 적용) ▪ 직전 3개 사업연도의 평균매출액 1,500억원 이상(2012.1.1.부터 적용)　 ▪ 상시근로자수 1,000명 이상 ▪ 자산총액 5,000억원 이상 ▪ 자기자본 1,000억원 이상 ▪ 매출액 1,000억원 이상　 　 ⑤ 적용 유예　 ▪ 사유발생연도의 다음 연도부터 3년간 중소기업으로 봄(유예기간 반복 적용). ▪ 유예기간 제외 사유 －대기업과의 합병 －유예기간 중인 기업과의 합병 －독립성 기준 미충족 －창업일 이후 1년 이내에 규모기준 초과 －졸업기준 초과(2012.1.1.부터)　 　 ▪ 사유발생연도를 포함하여 다음 연도부터 3년간 중소기업으로 봄. ▪ 유예기간 제외 사유 －대기업과의 합병 －유예기간 중인 기업과의 합병 －독립성 기준 미충족 －창업일이 속하는 사업연도종료일부터 2년 이내의 사업연도종료일 현재 규모기준 초과　                   -이영우 선생님-