국고보조금,과세포준 포함 여부 및 매입세액공제 여부

	재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금은 과세표준에 포함하지 아니하나 직접 관련된 경우 과세표준에 포함하는 것임
	부가가치세과-116, 2013.02.04

질의

가. 질의자는 경기도, 고양시 등이 출자한 법인으로 전시컨벤션행사 유치를 통한 임대수익, 자체행사를 통한 참가비 수익 등의 영리사업을 목적으로 하고 있음
나. 전시회 등의 사업을 진행하면서 국고보조금을 보조받고 사업이 완료되면 사후 정산하여 남은 예산을 반납함
○ 국고보조금 수령시 매출세금계산서 발급 여부 및 과세사업을 위해 국고보조금을 사용할 경우 매입세액 공제대상인지 여부

회신

귀 질의의 경우에는 기질의회신문(부가가치세과-55, 2013.1.18.)을 참고하기 바람.

 

 

 

	청구법인과 같은 형태의 국고보조금을 수령하고 있는 법인에 대하여 계속해서 공통매입세액 안분계산 방법 등에 대한 법령해석 및 판례 등이 일관되게 형성되어 있었다고 보이므로 공통매입세액 안분계산한 사례
	조심2012구2262, 2013.05.30

주문

심판청구를 기각한다.

이유

1. 처분개요
가. 청구법인은 1983.9.1.「산업기술혁신촉진법」제42조에 의해 설립된 전문생산기술연구소인 비영리법인으로서 섬유소재 및 생산기술개발ㆍ연구를 수행하기 위해 국가시책사업 등에 참여하여 연구개발과제를 수행하는 업을 주로 하면서 섬유제조업체에서 의뢰하는 품질성능분석 및 인증업무 등 수익사업도 영위하고 있다. 한편, 청구법인의 운영재원은 국고보조금과 시ㆍ도 기타 보조금이며 일부 수익사업에서 발생한 수입금으로 구성되어 있고, 발생한 자체수입에 대하여는 세금계산서 발행 및 부가가치세를 신고하며, 보조금을 재원으로 한 고유사업(비과세사업)에 관련된 수입금은 부가가치세 과세표준을 신고하지 않으면서 매입세액은 전액 공제하여 신고하였다.
나. 처분청은 2011.11.21.∼2011.11.25. 및 2011.12.8.∼2011.12.16. 청구법인에 대한 2007년 제1기∼2011년 제2기(예정) 부가가치세 환급현장확인을 실시한 결과, 총매입세액 중 건물(OOO센터로 이하 "쟁점 건물"이라 한다) 신축 관련 매입세액 OOO원은「부가가치세법」제17조 제2항 제6호에 의거 관련 매입세액을 전액 불공제하고, OOO원은 매입세액으로 전액 공제하면서, 나머지 매입세액 OOO원에 대하여는「부가가치세법 시행령」제61조에 의거 공통매입세액으로 안분계산하여 매입세액(OOO원이고, 이하 "쟁점 매입세액"이라 한다)을 불공제하여 2012.2.15. 청구법인에게 2007년 제1기∼2011년 제2기 부가가치세 OOO원(2007년 1기분 부가가치세 OOO원, 2007년 2기분 OOO원, 2008년 1기분 부가가치세 OOO원, 2008년 2기분 OOO원, 2009년 1기분 부가가치세 OOO원, 2009년 2기분 OOO원, 2010년 1기분 부가가치세 OOO원, 2010년 2기분 OOO원, 2011년 1기분 부가가치세 OOO원, 2011년 2기분 부가가치세 OOO원)을 경정ㆍ고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.4.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 처분청은「부가가치세법 시행령」제61조 제1항의 면세사업과 과세사업 겸영시 공통매입세액 안분계산식을 유추적용하여 청구법인의 국고보조금을 총공급가액 및 면세공급가액에 포함하여 계산한 금액을 고지하였는바, 이는 법령에 근거가 없는 잘못된 처분이다. 국고보조금 등은 국가가 청구법인에게 반대급부나 대가관계 없이 제공하는 재정적 지원으로 국고보조금 등을 받는다고 하여 과세사업이 비과세사업으로 변화하지는 않고(OOO행정법원 2012.1.20. 선고 2011구합8048 판결 참조), 과세사업을 위해 투입되는 비용에 관한 매입세액은 국고보조금을 재원으로 하는 것과 상관없이 사업과 관련된 매입세액으로 공제대상이다(부가-1623, 2011.12.26.). 따라서 청구법인의 전체사업을 과세사업으로 보아 매입세액을 전액 공제하여야 하고, 보조금은 매출이 아니므로 안분계산 산식에서 제외되어야 한다.
(2) 청구법인의 사업은 ① 순수 R&D사업, ② 제품화 지원사업, ③ 위탁 생산사업, ④ 기타지원사업으로 크게 분류할 수 있는데,
(가) 순수 R&D사업은 정부가 과제를 발주하고 청구법인과 기업체가 주관이 되어 연구를 수행하는 것으로 섬유산업과 관련된 기초기술ㆍ원천기술ㆍ기업제품 실용화 연구과제를 주로 하며 이 연구를 통해 특허출원과 제품 상용화 및 원천기술을 확보하고 있으며, 순수 섬유산업 관련 기초연구를 하는 사업으로 대부분 보조금을 받아 수행되고 있다.
(나) 제품화 지원사업은 기초연구를 하는 순수 R&D사업과 달리 청구법인의 매출을 발생시키기 위한 과세사업이다. 주로 기업의 제품화 지원을 위한 사업으로 기업과 청구법인이 공동으로 연구하여 그 결과로 기업의 제품생산 전 단계에서 시제품을 생산하고, 기업 자체에서 청구법인에게 소량으로 시제품 생산을 요청할 경우 직접 시제품을 생산하여 주며, 시제품 관련하여 기업에서 청구법인이 보유한 설비를 활용하게 하는 형태이다. 이러한 제품화 지원사업은 계속적ㆍ반복적으로 기업에게 용역을 제공함으로써 매출을 발생시키며, 사업 수행을 위해 청구법인은 관련 설비를 갖추고 있으며 매년 설비 구입 및 유지를 위하여 투자하고 있고, 매출도 점차 증가하는 형태이다. 또한 청구법인은 매출 발생시 모두 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고하고 있다.
(다) 위탁생산사업은 기업이 제품을 판매하는 단계에서 기업자체에서 신제품 생산과 관련하여 판매를 위한 제품을 청구법인에 위탁하여 청구법인이 이를 생산하여 주고, 기업의 제품 생산을 위해 청구법인의 보유 설비를 사용하게 하는 사업 등이며 이를 위한 관련 설비를 보유하고 있으며 과세매출이 꾸준히 발생하고 있다.
(라) 기타지원사업은 섬유산업과 관련하여 독자적인 정보력이나 교육훈련을 할 수 없는 중소기업을 대상으로 수혜자 부담원칙에 따라 진행되는 사업으로 인력양성사업과 정보지원사업의 형태로 진행되는 청구법인의 과세사업이다. 인력양성사업은 자체적인 교육훈련시설이나 강사를 섭외할 수 없는 기업적 여건을 고려해 청구법인이 위탁하여 교육을 제공해 주는 사업이며, 정보지원사업은 섬유산업과 관련하여 독자적인 기술이나 시장정보를 수집하는데 어려움이 있는 중소기업을 대상으로 정보를 지원하는 사업이다.
따라서 위 (1)에 의하여 매입세액이 전액 공제되지 못하고, 순수 R&D사업 관련 매입세액은 불공제 되더라도 제품화 지원사업, 기타사업 부분 관련 매입세액은 추가로 공제되어야 한다.
(3) 청구법인이 구축하고 있는 쟁점 건물은 과세사업과 관련된 수익창출을 하기 위한 건물로 준공과 동시에 OOO에 기부채납하기로 되어 있으며, 기부채납 후 청구법인이 무상사용ㆍ수익권을 얻어 사용하기로 되어 있다. 또한 준공 즉시 OOO에 매출세금계산서를 발급하여 적법하게 매출로 신고할 것이므로 쟁점 건물과 관련된 거래는「부가가치세법」상 과세거래로써 이와 관련된 매입세액은 모두 공제되어야 한다(「부가가치세법 시행령」제48조 제5항, 부가가치세법 기본통칙 6-14-8).
(4) 설혹 청구법인의 사업이 비과세사업에 해당된다 하더라도, 처분청은 2003.9.24.∼2003.10.10. OOO지방국세청장의 정기 종합감사와 관련하여「국세청 및 지방세무관서 감사규정」제26조 및「법인세법」제122조의 질문ㆍ조사권에 따라 2000∼2002사업년도 과세사업으로 전환한 사업에 대한 매입세액 공제 적정 여부 및 법인세 현장 조사에서도 적정 여부 확인을 하였고, 동 조사에서 매입세액에 대해 별다른 이의제기 없이 수년간 청구법인에게 부가가치세 환급을 정상적으로 해 주었으며, 청구법인은 이를 신뢰하고 수년간 부가가치세를 신고하여 왔다. 유사한 조세심판례(조심 2010중3786, 2010.12.29.)에서도 별다른 이의제기 없이 수년간 환급이 정상적으로 이루어 진 것은 처분청의 공적견해로 보았으며, 청구법인에게 신고ㆍ납부 의무를 게을리 한 귀책사유를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보았다. 따라서 처분청의 가산세 처분은 부당한 것으로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견
(1) 청구법인의 정관에 기재된 설립목적에서 알 수 있듯이, 청구법인이 주장하는 과세사업(섬유관련 시제품 생산, 기계설비 임대, 시험분석 용역제공 등)은 청구법인의 설립목적인 섬유소재 및 생산기술의 연구개발 활동을 하면서 얻어지는 일부의 수익사업에 지나지 않으며 이는 과세기간별 수입내역을 통하여도 확인된다. 또한, 청구법인과 같이 부가가치세가 과세되는 사업과 비과세되는 사업을 겸영하는 경우 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 세액 중 실지귀속을 구분할 수 없는 공통세액이 있다면, 그 중 과세사업에 관련된 매입세액으로서 공제될 세액을 배분하기 위한 방법으로「부가가치세법 시행령」제61조 제1항을 준용하여 적용하는 것이 가장 합리적이라 할 것이다. 처분청에서 쟁점 매입세액을 불공제한 근거는 청구법인이 주장하는「부가가치세법」제13조 제2항 제4호에 의한 과세표준에 산입하지 아니하는 국고보조금이기 때문에 불공제한 것이 아니며, 같은 법 제17조 제2항 제4호에 의거 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액이기 때문에 불공제한 것이다.
(2) 청구법인은 4가지 사업영역(순수 R&D사업, 제품화 지원사업, 위탁 생산사업, 기타지원사업)에 대한 매출금액과 이에 대응하는 매입금액을 분류하여 제시하였으나, 매출액에 대한 분류내역은 제출하지 아니하였으며 매입액 분류내역도 별도 분류기준 없이 임의로 작성되어 그 타당성을 인정할 수 없다. 예를 들면, 청구법인이 제출한 매입내역표 중 전기요금의 경우 1,2월분은 위탁생산 부문에, 나머지는 공통매입 부문에 분류되어 있으며, 일부는 지출항목 내역없이 금액만 기재하여 위탁생산부문 등에 분류되어 있다. 청구법인의 결산서상 과세분 수입금액과 부가가치세 신고서상 과세표준을 비교하면 두 금액이 일치하므로 청구법인이 스스로 과세분 수입으로 기장한 결산서상 수입금액 및 지출금액을 기준으로 분류함이 타당하며, 법인세 신고도 청구법인의 결산서 금액을 기준으로 신고하였다. 청구법인은 기타지원사업부문이 인력양성사업과 정보지원사업으로서 세금계산서를 발행하고 신고하였다고 하나, 결산서상 기타회계로 분류한 교육비 등 수입금액은 2007∼2010년까지 OOO원에 불과하고 관련 지출액도 미미하나 기타사업부문 관련 매입액을 OOO원으로 분류한 것은 납득할 수 없다.
(3) 쟁점 건물의 건립과 관련하여 청구법인이 제출한 지식경제 기술혁신사업 협약서 내용에 따르면, 당해 사업은 지식경제부의 "슈퍼소재융합제품산업화사업" 과제수행을 위한 것으로 산업용 고기능 섬유소재 및 관련제품 개발을 목적으로 하고 있으며, 지식경제 기술혁신사업 관련 법령 및 규정에 따라 과제수행 및 성과활용 보고서를 작성하여 전담기관에 제출토록하고 있고, 과제결과를 공개하거나 발표할 경우 본 과제가 지식경제부의 "슈퍼소재융합제품산업화사업"으로 수행됨을 밝혀야 하는 점 등으로 보아 쟁점 건물은 청구법인의 고유업무인 연구개발 업무를 위하여 건설하는 것으로 확인될 뿐만 아니라, 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우 비과세사업에 관련된 매입세액은 실지귀속에 따라 불공제 하되, 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은「부가가치세법 시행령」제61조 규정에 따라 공급가액 비율로 안분계산하여 비과세사업에 해당하는 매입세액은 불공제하는 것(법규과-1125, 2010.7.9.)이며, 비과세영역의 공급가액을 산정할 별다른 방법이 없는 경우 본래의 업무수행에 사용되도록 지급되는 국가보조금을 비과세 영역의 공급가액으로 간주하여 공통매입세액을 안분계산하는 방법이 가장 현실적이고 합리적인 대안(OOO고등법원 2011.7.7. 선고 2010누1826 판결, 같은 뜻)이므로 이건에서도 쟁점 건물이 신축단계인 현재로서는 청구법인의 고유목적사업이 연구기술용역으로 순수 비과세대상인 이상「부가가치세법 시행령」제61조에 따라 매입세액 불공제한 당초 처분은 정당하다.
(4) 처분청이 납세자의 신고내용에 오류가 있음을 사후에 발견하고 납세의무 성립일 당시의 조세법령에 근거하여 재경정하거나, 당초 부과처분 당시 법령해석에 오류가 있음을 이유로 취소하였다가 다시 부과처분을 할 수도 있는 것이며, 처분청이 청구법인의 신고내용대로 계속 환급하였다는 사유만으로 처분청이 공적인 견해표명을 했다고 볼 수 없는 것으로, 신고납세방식을 취하고 있는 부가가치세에 있어서 납세의무자의 신고만을 믿고 착오로 법률적용을 잘못하여 부가가치세를 환급하였다하여도 이를 과세관청의 공식적인 견해의 표명으로 볼 것은 아니라 할 것이다(OOO지방법원 2001.7.26. 선고 2000구274 판결, 심사기타 2003-2033, 2003.5.26. 외 다수). 설령, 처분청이 당초 처분에 잘못이 있었다 하더라도 그 후 관련법령에 어긋나는 것이 명백히 확인되는 경우에 재경정하거나 부과처분 하는 것은 신의성실의 원칙을 적용할 수 없는 것이며, 유사한 쟁점 의 예규ㆍ판례가 기왕에 많이 생산되어 있어 처분청이 신고내용대로 계속 환급하였다는 사유가 가산세 면책의 정당한 사유가 될 수는 없다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 비영리법인인 청구법인이 받은 국고보조금 등을 공통매입세액 안분계산을 적용하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
② 청구법인의 주요사업 중 순수 연구개발 관련 매입세액만 불공제하여야 한다는 청구주장의 당부
③ 청구법인이 OOO에 기부채납할 예정인 쟁점 건물을 신축함에 있어 해당 거래가 과세대상이므로 관련 매입세액도 전액공제 대상이라는 청구주장의 당부
④ 처분청의 부가가치세 환급결정을 공적견해로 믿고 신고해 온 것이므로 관련 가산세 부과가 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령
(1) 부가가치세법
제2조(납세의무자) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
1. 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 "사업자"라 한다)
② 제1항에 따른 납세의무자는 개인ㆍ법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체를 포함한다.

제12조(면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
17. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
④ 사업자는 제1항에 따라 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급으로서 제11조에 따라 영세율 적용의 대상이 되는 것과 제1항 제12호ㆍ제14호 및 제17호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부가가치세의 면제를 받지 아니할 수 있다.

제13조(과세표준) ② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.
4. 국고보조금과 공공보조금

제17조(납부세액) ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액 (2011.12.31. 개정)
* 개정 전: 6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액
☞ 2011년말에 부가가치세법이 개정되면서 비과세사업과 관련된 매입세액은 불공제되도록 명확화 되었음
⑤ 제1항에 따라 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)이나 그 밖의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 경우 해당 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부세액 또는 환급세액을 다시 계산하여 제19조에 따른 해당 과세기간의 확정신고(確定申告)와 함께 관할 세무서장에게 신고ㆍ납부하여야 한다. (2011.12.31. 개정)
⑥ 제2항 제6호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 그 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.

(2) 부가가치세법 시행령
제37조(종교 ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위) 법 제12조 제1항 제17호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 것을 말한다.
1의 2. 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역

제47조(면세포기신고) ① 법 제12조 제1항에 따라 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급이 법 제11조에 따라 영세율 적용의 대상이 되는 경우와 제37조 제1호의 2에 규정하는 학술연구단체 또는 기술연구단체가 이를 공급하는 경우에 법 제12조 제4항에 따라 부가가치세의 면제를 받지 아니하려는 사업자는 다음 각 호의 사항을 기재한 면세포기신고서에 의하여 관할세무서장에게 신고(국세정보통신망에 의한 신고를 포함한다)하고, 법 제5조에 따라 지체없이 등록하여야 한다.
1. 사업자의 인적사항
2. 면세를 포기하고자 하는 재화 또는 용역
3. 기타 참고사항

제48조(과세표준의 계산) ⑤ 기부채납의 경우에는 당해 기부채납의 근거가 되는 법률에 의하여 기부채납된 가액(부가가치세가 포함된 경우에는 이를 제외한다)을 과세표준으로 한다.
⑩ 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다.
* 부가가치세법 기본통칙 6-14-8(일정기간 무상사용ㆍ수익 조건부의 기부채납에 대한 과세) 사업자가 건물 등을 신축하여 국가 또는 지방자치단체에 기부채납하고 그 대가로 일정기간 동 건물 등에 대한 무상사용ㆍ수익권을 얻는 경우 해당 거래는 과세대상이 된다.

제61조(매입세액의 안분계산) ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정 신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.
면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × (면세공급가액 / 총공급가액)
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

(3) 국세기본법
제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(4) 산업기술혁신촉진법
제42조(전문생산기술연구소의 설립 및 지원 등) ③ 전문생산기술연구소는 중소기업의 생산기술에 관한 다음 각 호의 사업을 수행한다.
1. 시험ㆍ평가ㆍ장비 및 공정기술 등의 개발 및 상담ㆍ교육 지원
2. 소속 연구원의 파견 등 인력지원 및 기술교육
3. 시험연구시설ㆍ설비 및 전문기술정보의 제공
4. 국제 산업기술협력을 통한 해외 우수기술의 습득 및 이전
5. 기술개발 성과의 기술이전 및 기술지도
6. 그 밖에 대통령령으로 정하는 산업기술혁신에 관한 사업
④ 정부는 전문생산기술연구소가 실시하는 제3항에 따른 사업에 대하여 자금지원 등을 할 수 있고, 전문생산기술연구소에 대하여 관계 법률에서 정하는 바에 따라 자금지원 및 조세감면 등의 지원을 할 수 있다.

(5) 산업기술혁신촉진법 시행령
제55조(전문생산기술연구소의 사업) 법 제42조 제3항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 산업기술혁신에 관한 사업"이란 다음 각 호의 사업을 말한다.
1. 생산기술의 표준화 지원에 관한 사업
2. 중소기업의 디자인ㆍ브랜드ㆍ제품 및 공정의 개발 지원에 관한 사업
3. 연구장비ㆍ시설 및 시험ㆍ평가장비 등의 활용 촉진 및 이용 알선에 관한 사업
4. 중소기업의 기술애로 해소에 관한 사업

다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인의 부가가치세 신고내역은 아래 <표1>과 같다.

[표 생략]

(2) 청구법인의 정관상 사업(제4조)에 대하여 보면, ① 섬유산업의 고부가가치화를 위한 의류용 및 비의류용 섬유 신기술, 신제품개발연구사업, ② 섬유제품의 생산성 향상 및 원가절감기술 개발 및 보급사업, ③ 섬유제품의 품질 성능분석 및 인증업무, ④ 섬유산업계에 필요한 기술지도, 기술훈련, 기술교육, ⑤ 섬유정보화 지원 관련사업, ⑥ 국내ㆍ외 연구기관, 학계, 산업계 및 전문기관과의 제휴 및 공동사업 추진, ⑦ 시험연구설비 임대 및 섬유업계 시제품 생산 지원, ⑧ 이사회에서 승인받은 수익사업, ⑨ 기타 연구원의 목적 달성을 위하여 필요한 사업으로 되어 있다.
(3) 청구법인의 결산서상 수입금액은 연구원(자체수입), 신제품개발센터, 기타로 분류되어 있고, 신고상으로는 신제품개발매출, 기술분석수입, 기타수입으로 분류되어 있으며, 청구법인의 결산서상 과세분 수입금액과 부가가치세 신고서상 과세표준을 비교하면 두 금액이 일치하는 것으로 나타난다.
(4) 청구법인의 과세기간별 수입내역[2007년 제1기∼2011년 제2기(예정)]은 아래 <표2>와 같다.

[표 생략]

(5) 청구법인의 과세기간별 매입세액 불공제 내역은 아래 <표3>과 같다.

[표 생략]

(6) 쟁점 ①에 대하여 살펴본다.
(가) 처분청의 청구법인에 대한 부가가치세 현지확인 복명서에 의하면, 청구법인은 정관에 기재된 고유목적사업인 섬유소재 및 생산기술개발ㆍ연구를 수행하기 위하여 연구원 80명이 8개팀으로 구성되어 국가시책사업 등에 참여하여 연구개발과제를 수행하는 업을 주로 하고 있고, 업체에 기술ㆍ정보지원사업의 일환으로 섬유제조업체에서 의뢰하는 품질성능분석 및 인증업무, 신제품개발을 위한 방사ㆍ제직 등 일부 수익사업을 영위하고 있으며, 매입액 중 수익사업(신제품 개발 등)을 위하여 지출한 것으로 확인되는 원재료비, 운송비, 전기ㆍ가스요금 등에 대하여는 과세분 매입으로 매입세액 공제함이 타당하나, 고유목적사업에서 발생한 비과세분 매입액과 수익사업에서 발생한 과세사업분 매입액으로 명확하게 구분되지 아니하는 매입액에 대하여는「부가가치세법 시행령」제61조 제1항에 의거 안분계상 대상이라고 기재되어 있다.
(나) 청구법인은 청구법인의 전체사업을 과세사업으로 보아 매입세액을 전액 공제하여야 하고, 보조금은 매출이 아니므로 안분계산 산식에서 제외되어야 한다고 하면서, 2007∼2011년 연구개발 과제 리스트, 섬유산업스트림간협력사업 협약서 및 상품화 실적, 연구개발 사업의 소유권 사항(지식경제 기술혁신사업 공통운영요령 제36조의 성과물의 귀속 및 중소기업기술개발지원사업 통합운영요령 제31조의 기술개발성과물의 귀속), 청구법인이 제품화(상용화)를 위한 연구비로 받는 국고보조금이 매년 삭감되고 있다는 내용의 이사회 회의록, 하이테크 섬유 및 융합기술 개발을 위한 기반정비 협약서, 헬스케어용 섬유소재 및 제품개발 기술지원 사업협약서, OOO센터 구축사업 계획서 등의 증빙과 함께 아래와 같이 주장하였다.
1) 청구법인은 계속적인 연구개발 사업을 통해 개발한 기술로 위탁받은 시제품 생산으로 인한 수익과 특허권 이전으로 얻는 수익, 설비사용료, 시험분석수수료 등 과세매출이 발생하고 있고, 앞으로도 발생할 예정이며, 처분청이 발행한 사업자등록증에서도 1999년 12월 이전에는 면세사업자(연구개발업)로, 1999년 12월 이후에는 과세사업자(기술검사서비스)로 나타나고 있어「부가가치세법」상 사업자에 해당한다.
2) 처분청은 청구법인의 연구개발업을 비과세사업(고유목적사업) 이라고 하였으나,「부가가치세법」상 사업자는 과세사업이나 면세사업 중 하나일 수밖에 없고, 비과세사업이란 용어는「부가가치세법」상에 없으며, 만일 청구법인의 사업이 비과세사업이라면 사업자등록 자체가 될 수 없다(예: 교회 등).
3) 청구법인이 기술검사서비스업으로 사업자등록을 하고 사업활동을 하고 있는 한, 기술검사서비스와 관련된 연구개발 활동은 사업과 관련된 활동이 분명하며 이를 분리하여 비과세사업이라고 할 수 없다.
4) 청구법인은 기술연구단체에 해당되어 청구법인이 제공하는 재화 및 용역에 대해서 면세포기를 한 것이고 청구법인이 섬유관련업체에 시제품 등을 생산해주고 기계설비를 사용하게 하거나 시험분석 용역을 공급하는 것은 과세사업에 해당하는 것이 분명하므로 이와 관련된 매입세액은 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역의 공급에 대한 세액이므로 매출세액에서 공제되어야 하는 것이다.
5) 처분청은 청구법인의 기계설비의 매입비용, 시험분석시설비용과 운영비용 등이 대부분 국고보조금에 의해 충당되므로 이를 비과세사업으로 보고 이와 관련된 매입세액으로 당연히 공제 받을 수 없는 것으로 해석하였으나, 국고보조금 등은 국가가 청구법인에게 반대급부나 대가관계 없이 제공하는 재정적 지원이므로 국고보조금 등을 받는다고 하여 청구법인이 하는 사업이 과세사업에서 비과세사업으로 변화하지는 아니하므로 청구법인의 연구개발사업과 관련된 매입세액이 불공제 되어야 할 법적근거가 존재하지 아니한다.
6) 청구법인이 지급받은 국고보조금은 청구법인이 제공하는 재화 또는 용역과 대가관계가 없으므로 부가가치세 과세표준에서 제외한 것일 뿐이며, 만일 대가관계가 있었더라면 부가가치세 과세표준에 포함하였을 것이다.
(다)「부가가치세법」제17조 제1항 및 제2항에 의하면, 사업을 위하여 사용ㆍ소비되는 재화나 용역에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되도록 하되, 면세사업을 위하여 사용되는 재화나 용역에 대한 매입세액은 공제되지 아니한다고 규정하고 있는바, 이에 따라 동일한 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에도 납부세액의 계산원리에 따라 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역의 매입세액은 이를 과세사업의 매출세액에서 공제하여 납부세액을 계산하여야 하고, 면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역에 대한 매입세액은 매출세액이 없으므로 매입세액도 공제하지 아니하도록 규정되어 있으며, 다만, 같은 법 시행령 제61조 제1항은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액 중 과세사업에 관련된 매입세액으로서 해당 매출세액에서 공제받을 수 있는 세액과 면세사업에 관련된 매입세액으로서 그 매출세액에서 공제받을 수 없는 세액을 안분계산하는 방법 등에 대하여 규정하고 있다. 그런데,「부가가치세법」제17조 제1항에 의하여 공제되는 매입세액은 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 것이어서 비과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 세액은 공제대상에 해당하지 아니한다 할 것이므로, 결국 비과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액은 면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액과 차이가 없다 할 것이고, 동일한 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우 공통으로 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액 중 실지귀속을 구분할 수 없는 세액이 있다면 그 중 과세사업분으로 공제되는 매입세액과 비과세사업분으로 공제되지 아니하는 세액을 합리적으로 배분하기 위한 방법이 필요한 점 등을 종합적으로 고려하면,「부가가치세법 시행령」제61조 제1항은 동일한 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추하여 적용된다고 봄이 상당하다. 그렇다면, 위 규정은 공통매입세액 중 매출세액에서 공제받지 못하는 면세사업과 관련된 매입세액만을 계산하기 위한 규정이 아니라 과세사업과 관련한 매입세액을 산출하는 데도 유추적용될 수 있다고 할 것이다(조심 2008전1764, 2009.9.30. 같은 뜻임).
(라) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,「부가가치세법 시행령」제61조 제1항 및 제4항은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액 중 과세사업에 관련된 매입세액으로서 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 있는 세액과 면세사업에 관련된 매입세액으로서 그 매출세액에서 공제받을 수 없는 세액을 안분계산하는 방법 등을 규정하고 있는바, 그 규정내용 및 취지와 부가가치세 비과세사업에 관련된 매입세액 역시 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 것으로서 면세사업에 관련된 매입세액과 다를 바 없다는 점 등에 비추어, 위 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 적용된다고 보는 것이 타당하다고 할 것이다(대법원 2006.10.27. 선고 2004두13288 판결, 같은 뜻). 이건의 경우 청구법인이 과세 및 면세사업에서 발생하는 수입 외에 국가보조금 등을 지급받고 있고 공통매입세액을 안분계산함에 있어 비과세사업(고유목적사업)을 고려하지 아니하면 과세사업과 관련이 없는 사업에 대한 매입세액까지 매출세액에서 공제되어, 그만큼 부당하게 세액을 공제받는 결과를 초래하는 점, 이러한 경우 총공급가액(과세 및 면세사업에서 발생한 수입금액과 국가보조금 등)에 대한 과세사업에서 발생한 수입금액의 비율을 공통매입세액에 적용하여 그 중 과세사업과 관련이 있는 매입세액을 산정하는 것이 타당하다고 보이는 점 등을 고려하였을 때, 청구법인도 총공급가액에 대한 과세사업에서 발생한 수입금액의 비율을 공통매입세액에서 공제하여야 할 것이므로 처분청이 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 대하여 안분계산 대상으로 보아「부가가치세법 시행령」제61조의 규정에 따라 계산하여 이건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2010중3536, 2011.6.30. 참조).
(7) 쟁점 ②에 대하여 살펴본다.
(가) 청구법인이 제시한 청구법인의 매출ㆍ보조금ㆍ매입 내역은 아래 <표4>와 같다.

[표 생략]

(나) 살피건대, 청구법인이 제시한 <표4>의 4가지 분류기준은 세무조사 과정에서는 제시되지 않고 심판청구 단계에서 제기된 것으로 분류기준 자체가 자의적이고 객관적이지 못하며, 사업영역도 별개로 이루어졌다고 단정할 수 없으므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

[표 생략]

(8) 쟁점 ③에 대하여 살펴본다.
(가) 쟁점 건물에 대한 매입세액불공제 내역은 아래 <표5>와 같다.

[표 생략]

(나) 살피건대, 청구법인은 시유토지내 영구시설물 축조 승인 통보서, 신제품개발센터 건물 기부채납 및 무상사용허가 통보서, 신제품개발센터 건축과 관련된 매입 및 매출 신고금액 내역 등을 제출을 제시하면서, 쟁점 건물이 과세사업 관련 수익 창출을 위한 건물이고(OOO에 기부채납 후 무상사용ㆍ수익권을 얻음), 면세ㆍ과세 사업자 여부에 관계없이 사업자가 신축하여 기부채납하는 건물은 과세대상이라고 주장하나, 통상적인 기부채납은 사업자가 취득한 재화를 무상으로 기부하는 조건으로 무상사용 등 대가를 얻게 되므로 재화의 공급으로 보는 것이며 이 경우에도 과세사업과 관련 없는 매입세액은 불공제 하는 것으로, 쟁점 건물의 신축 목적이 신소재 연구 및 개발에 있어 쟁점 건물이 고유목적사업에 사용될 것으로 보이므로 처분청이 쟁점 건물에 대한 매입세액을 불공제하여 이건 부가가치세를 과세한 것은 잘못이 없다고 판단된다(국심2005전1310, 2005.10.27. 참조).
(9) 쟁점 ④에 대하여 살펴본다.
(가) 청구법인은 별다른 이의제기 없이 수년간 환급이 정상적으로 이루어 진 것은 처분청의 공적견해에 해당하고, 과세관청이 세법의 해석에 있어서 확실한 견해를 가지지 못하고 오락가락한 경우에는 납세자의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 이건 가산세 부과는 부당하다고 주장하면서 조세심판례(조심 2008서2978, 2010.4.16.) 등을 제시하였다.
(나) 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 처분청이 청구법인의 신고내용대로 계속 환급하였다는 사유만으로 처분청의 공적 견해표명으로 보기 어려우며, 청구법인과 같은 형태의 국고보조금을 수령하고 있는 법인에 대하여 계속해서 공통매입세액 안분계산 방법 등에 대한 법령해석 및 판례 등이 일관되게 형성되어 있었다고 보이는 점 등에 비추어 가산세 부과와 관련하여 청구법인에게 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 판단된다(조심 2012중588, 2012.5.31. 참조).

4. 결론
이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.