2주택을 소유하다가 그 중 1주택이 조합원 입주권으로 변경된 경우

	당초부터 2주택을 소유하다가 그 중 1주택이 조합원 입주권으로 변경된 경우로, 사업시행인가일 이후 신축주택을 거주목적으로 취득한 것이 아님
	심사기타2013-10, 2013.06.10

주문

이건 심사청구는 기각한다.

이유

1. 처분내용
가. 청구인은 1989.4.29. 서울 ○○구 ○○동 1131 ○○아파트 ○동 1007호(이하 "종전주택"이라 한다)를 취득하여 거주하고, 2003.11.7. ○ ○○구 ○○○동 648 ○○○6차 ○○○○ 902동 704호(이하 "쟁점 주택"이라 한다)를 취득하여 2주택을 보유한 상태에서 종전주택에 대한 재건축이 진행되자 2008.3.12. 쟁점 주택으로 전입하여 거주하다가, 2012.10.17. 종전주택의 재건축이 완공되어 2012.11.23. 쟁점 주택을 양도하고, 종전주택으로 이주하였다.
나. 청구인은 쟁점 주택에 대해「조세특례제한법」제99조의 3의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 36,817,570원을 감면신청하고, 농어촌특별세 7,363,510원을 2013.1.31. 예정신고ㆍ납부하였다.
다. 청구인은 1세대1주택 상태에서 조합원 입주권을 취득하였으므로 쟁점 주택이「소득세법」제156조의 2 제5항에 의거 1세대1주택 비과세요건을 충족한다며 농어촌특별세에 대한 경정청구를 하였다.
라. 처분청은 청구인이 1세대2주택자로서 1주택이 조합원 입주권으로 전환되었으므로 1세대1주택 비과세요건에 해당하지 않는다고 판단하여 2013.5.2. 경청청구 거부처분 통지를 하였다.
마. 청구인은 이에 불복하여 2013.5.13. 이건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장
가. 청구인은 2007.10.4. 사업시행인가일 당시 쟁점 주택과 종전주택을 소유하고 있었으나,「조세특례제한법」제99조의 3 제2항에 의거 2007.12.31.까지는 쟁점 주택을 청구인의 주택으로 보지 않기 때문에 1세대1주택자이다.
나. 청구인은 1세대1주택인 상태에서 2008.1.1.부터 대체주택을 취득(쟁점 주택이 거주자의 소유주택으로 전환)하고, 종전주택의 건설기간중 대체주택(쟁점 주택)에 입주하여 4년8개월 거주하다가 종전주택이 완공되자 쟁점 주택을 양도하였으며, 종전주택에 세대원 전원 입주하여 거주한바,「소득세법 시행령」제156조의 2 제5항 규정의 요건을 모두 갖추었다.
다. 처분청은「조세특례제한법」제99조의 3 제2항의 규정을 종전주택 양도의 경우로 한정하여 소유주택 포함 여부를 판단한다고 주장하지만, 본 조항의 입법 연혁을 살펴보면 1세대1주택 여부를 판단할 때 적용하는 규정이다.

3. 처분청 의견
가.「조세특례제한법」제99조의 3에서 신축주택을 소유주택으로 보지 않는 규정은 종전주택을 양도하는 경우 1세대1주택 비과세를 적용할 때 소유주택에서 제외하는 것으로 신축주택을 주택수에서 제외하는 것은 아니다.
나. 청구인은 1세대2주택 상태에서 1주택이 조합원 입주권으로 전환되어 1세대1주택 비과세규정이 적용되지 않으므로 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점 주택 양도가 1세대1주택 비과세에 해당하는지 여부

나. 관련법령
1)「조세특례제한법」제99조의 3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이「소득세법」제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택 취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택 취득기간중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.
2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택 취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택
②「소득세법」제89조 제1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
③～④ (생략)

2)「소득세법 시행령」제156조의 2(주택과 조합원 입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례) ①～④ (생략)
⑤ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택(이하 이 항에서 "대체주택"이라 한다)을 취득한 경우로서 다음 각호의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항의 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.
1. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주할 것
2. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것. 다만, 주택이 완성된 후 2년 이내에 취학 또는 근무상의 형편으로 1년 이상 계속하여 국외에 거주할 필요가 있어 세대전원이 출국하는 경우에는 출국사유가 해소(출국한 후 3년 이내에 해소되는 경우만 해당한다)되어 입국한 후 1년 이상 계속하여 거주하여야 한다.
3. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 대체주택을 양도할 것

다. 사실관계
1) 부동산등기부등본과 주민등록초본에 의하면, 청구인은 쟁점 주택을 2003.11.7. 취득하였고, 종전주택은 1989.4.29. 취득하여 거주하였음이 확인된다.
2) 국세통합시스템에 의하면, 청구인의 쟁점 주택에 대한 양도소득세 신고내역은 다음과 같이 나타나며, 쟁점 주택이「조세특례제한법」제99조의 3 규정에 의거 감면이 적용된다는 사실은 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

                                                                                  (단위: 원)
┌──────┬──────┬──────┬─────┬───────┬─────────┐
│  양도가액  │  취득가액  │  양도차익  │ 감면세액 │   납부세액   │       비고       │
├──────┼──────┼──────┼─────┼───────┼─────────┤
│            │            │            │          │       -      │「조세특례제한법」│
│427,000,000 │205,228,230 │205,841,770 │36,817,570│(농어촌특별세 │    제99조의 3    │
│            │            │            │          │  7,363,510)  │(신축주택 취득자에│
│            │            │            │          │              │ 대한 감면 100%)  │
└──────┴──────┴──────┴─────┴───────┴─────────┘

3) 종전주택의 주택재건축정비사업조합의 통지서에 의하면, 사업시행인가일은 2007.10.4.이고, 관리처분인가일은 2008.7.18.임이 나타난다.
4) 청구인은 쟁점 주택의 양도가 1세대1주택 비과세에 해당된다며, 2013.3.5. 농어촌특별세 환급을 받기 위해 경정청구서를 제출하였다.
5) 처분청의 경정청구 검토서(2013.5.2.) 내용은 다음과 같이 확인된다.

┌──────────────────────────────────────────┐
│5. 검토자 의견                                                                      │
│○ 청구인은「조세특례제한법」제99조의 3 제2항의 규정을 들어 양도주택은 2007.12.31.  │
│   까지 주택이 아니고, 사업시행인가일(2007.10.4.) 이후에 취득한 것으로 보아야       │
│   하므로「소득세법 시행령」제156조의 2 제4항에 규정하고 있는 비과세요건에 해당한다 │
│   고 주장하나,                                                                     │
│  -「조세특례제한법」제99조의 3 제2항 규정은 1세대1주택 비과세요건 판정시 적용하는  │
│    규정으로 이건에는 해당되지 않으며                                               │
│  - 청구인은 1세대2주택자로서 1주택이 조합원 입주권으로 전환된 경우로서「소득세법   │
│    시행령」제156조의 2 제4항에 규정하고 있는 비과세요건에 해당되지 않는다.         │
└──────────────────────────────────────────┘

라. 판단
청구인은 쟁점 주택이「조세특례제한법」제99조의 3 제2항 및「소득세법 시행령」제156조의 2 제5항 규정 등에 의거 1세대1주택 비과세요건을 충족하므로 농어촌특별세를 환급해 달라고 주장하고 있어, 이에 대해 살펴본다.
「조세특례제한법」제99조의 3(신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 제2항은 1세대1주택 비과세규정을 적용함에 있어, 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007.12.31.까지 양도하는 경우에 한하여 신축주택을 거주자의 주택으로 보지 않는다는 규정으로 청구인은 종전주택을 해당 기한까지 양도한 사실이 없고, 1989.4.29.부터 계속 종전주택을 보유하고 있었으므로 쟁점 주택은 청구인의 소유주택에 포함된다 할 것이다.
또한,「소득세법 시행령」제156조의 2(주택과 조합원 입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례) 제5항의 규정은 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택(대체주택)을 취득한 경우로서, 법에 정해진 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 1세대1주택 비과세특례를 적용하는 것이나, 청구인은 계속하여 2주택을 소유하다가 그 중 1주택이 조합원 입주권으로 변경된 경우로 주택재건축사업의 사업시행인가일 이후 쟁점 주택을 거주목적으로 취득한 것이 아니므로 1세대1주택 비과세특례를 적용받을 수 없다 하겠다.
처분청이 청구인에게 한 경청청구 거부처분 통지는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론
이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로「국세기본법」제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.