박정규 세무사 & 박연주 회계사와 함께하는 세금과 회계

사모투자전문회사는 2007년 44개사 9조원의 약정에서 2013년에는 237개사 44조원의 약정액에 이르는 등 지속적인 성장세를 유지하고 있다. 2013년에는 사모투자전문회사 제도도입 이후 최대 규모의 투자(총 9.3조원)를 집행하였는데, 이는 2012년 중 자금모집을 완료한 대형 블라인드 PEF들이 2013년 국내 대형 M&A 거래(ING생명보험, 코웨이, 네파, LIG넥스원 등)에 참여하게 되면서 투자규모가 확대되었기 때문이다. (* 금융감독원, 2013년 사모투자전문회사[PEF] 동향 및 시사점, 2014.2.10., 1면)

이렇듯 글로벌 금융위기로 인해 기업의 구조조정 시장이 보다 활성화되고, 경기불황과 저금리 기조로 인해 기관투자자들의 대체투자가 확대되면서 사모투자전문회사는 M&A 시장의 강자로 자리매김하고 있다. 이번 호에서는 금융업자 중 사모투자전문회사의 설립, 운용 및 청산과정에서 발생할 수 있는 제반 조세문제에 대해 살펴보기로 한다.

사모투자전문회사는 “경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분증권 등에 투자･운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구”를 말한다(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조 제17항 제7호). 자본시장법상 사모투자전문회사는 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 투자하는 “사모투자전문회사”와, 재무구조개선기업의 경영정상화 및 재무안정 등을 위하여 투자하는 “기업재무안정사모투자전문회사”로 구분된다( 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제278조의 3 제1항).

사모투자전문회사의 법적 성격을 살펴보면 아래와 같다.

① 사모투자전문회사는 투자합자회사(상법에 따른 합자회사 형태의 집합투자기구)에 해당한다( 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조 제17항 제7호). 따라서 자본시장법에 사모투자전문회사에 관하여 별도의 규정이 없는 경우에는 상법상 합자회사에 관한 규정이 적용된다.

② 사모투자전문회사는 상근임원 또는 직원을 둘 수 없으며, 본점 외의 영업소를 설치할 수 없다( 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제184조 제7항).

③ 사모투자전문회사의 존속기간은 설립등기일부터 15년 이내에서 정한다(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제268조 제1항 제5호).

④ 사모투자전문회사의 사원은 1인 이상의 무한책임사원과 1인 이상의 유한책임사원으로 하되, 사원의 총수는 49명 이하로 한다( 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제269조 제1항). 회사도 사모투자전문회사의 무한책임사원이 될 수 있다. 개인이나 법인 또는 조합 등도 사모투자전문회사의 유한책임사원이 될 수 있다. 다만, 유한책임사원은 사모투자전문회사재산인 주식 또는 지분의 의결권 행사 및 업무집행사원 고유의 업무에 관여할 수 없다( 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제269조 제4항).

⑤ 사모투자전문회사는 정관으로 무한책임사원 중 1인 이상을 업무집행사원을 정하여야 한다(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제272조 제1항). 업무집행사원은 사모투자전문회사의 업무를 집행할 권리와 의무를 가진다. 현재 사모투자전문회사의 업무집행사원의 역할은 법인만이 수행할 수 있으며, 과거에도 실무적으로 거주자, 비거주자 또는 외국법인이 사모투자전문회사의 업무집행사원이 된 경우는 찾아보기 어렵다.

⑥ 사모투자전문회사 사원의 출자의 목적은 금전에 한한다. 다만, 객관적인 가치평가가 가능하고 사원의 이익을 해할 우려가 없는 경우로서 다른 모든 사원의 동의가 있는 경우에는 증권으로 출자할 수 있다( 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제269조 제5항).

⑦ 무한책임사원의 최소출자금액에 대한 제한은 없다. 유한책임사원의 최저 출자가액은 법인 그 밖의 단체는 20억원, 개인은 10억원이다( 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」제291조 제3항).

(1) 설립등기에 따른 등록면허세

상사회사 또는 영리법인이 설립등기를 하는 경우 납입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의 출자가액의 0.48%에 해당하는 등록면허세(지방교육세 포함)를 납부해야 한다(「지방세법」제28조① 6호 가목). 그러나 사모투자전문회사는 Capital Call (* 사모투자전문회사의 유한책임사원은 업무집행사원이 출자의 이행을 요구하는 때에 출자하기로 약정(Capital call)하는 방식으로 출자할 수 있다(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」제291조 제4항).) 방식의 출자가 가능하기 때문에 설립시 출자금의 납입이 강제되지 않고, 또한 자본의 총액이 등기사항에 해당하지 않는다. 이로 인해 사모투자전문회사는 출자금의 납입없이 설립등기를 하는 경우가 대부분이다. 이 경우 사모투자전문회사가 설립등기로 인해 부담해야 하는 등록면허세는 등록면허세의 최저금액인 112,500원 정도가 된다(「지방세법」제28조 ① 6호 가목). 사모투자전문회사가 설립 이후 증자를 하는 경우에도 정관변경을 위한 등기가 필요하지 않다. 따라서 사모투자전문회사 설립 이후 Capital Call에 의해 출자금의 증가가 있는 경우에도 자본증가 또는 출자증가로 인한 등록면허세를 추가로 부담하지는 않는다.

(2) 대도시 내 설립시 등록면허세 중과배제

대도시에서 법인을 설립(설립 후 또는 휴먼법인을 인수한 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)하거나 지점이나 분사무소를 설치함에 따른 등기를 할 때에는 그 세율은 일반 등록면허세율의 3배로 중과한다(「지방세법」제28조 ② 1호). 그러나 사모투자전문회사는 명목회사인 점을 고려하여 2014년 12월 31일까지 설립등기(설립 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)하는 경우 그 등기에 대하여는 대도시 내 설립시 등록면허세 중과규정을 적용하지 아니한다(「조세특례제한법」제119조 ③).

사업자는 사업장마다 사업 개시일부터 20일 이내(신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전에도 가능)에 사업장 관할세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다(「부가가치세법」제8조). 다만, 사모투자전문회사업은 부가가치세가 면세되는 금융･보험 용역에 해당하므로(「부가가치세법」제26조 ① 11호,「부가가치세법 시행령」제40조 ① 2호 아목) 면세사업자로 등록을 해야 한다.

사모투자전문회사가 동업기업 과세특례를 적용받고자 할 경우 그 특례를 적용받고자 하는 과세연도의 개시일 이전(설립일부터 적용받고자 하는 경우 설립일이 속하는 과세연도의 개시일부터 1개월 이내)에 동업기업 과세특례 적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다(「조세특례제한법」제100조의 17 ①, 「조세특례제한법 시행령」제100조의 16 ①).

내국법인은 법인세법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다(「법인세법」제2조). 사모투자전문회사는 상법상 합자회사로서 내국법인에 해당한다. 따라서 재산운용에 따라 소득이 발생한 경우 다른 내국법인들과 마찬가지로 각 사업연도 소득금액에 대한 법인세를 신고납부해야 하는 것이 원칙이다. 그러나 사모투자전문회사가 동업기업 과세특례를 적용받는 경우 각 사업연도 소득금액에 법인세 납세의무가 면제된다. 대신, 사모투자전문회사의 소득금액을 사원들에게 배분한 후 그 사원들이 배분받은 소득에 대해 납세의무를 부담하게 된다.

사모투자전문회사와 관련한 원천징수문제는 사모투자전문회사가 재산운용소득을 수령할 때의 원천징수와 사모투자전문회사가 소득을 지급할 때의 원천징수로 구분된다. 사모투자전문회사가 제3자로부터 소득을 수령할 때의 원천징수는 일반 내국법인의 원천징수와 동일하게 취급되나, 사모투자전문회사가 소득을 지급할 때의 원천징수문제는 동업기업 과세특례 제도의 고유한 원천징수규정이 적용된다. 원천징수에 대해서는 ‘III. 사모투자전문회사의 동업기업 과세특례’에서 상세히 살펴보기로 한다.

사업자가 재화 또는 용역을 공급할 경우 부가가치세법에 따른 납세의무를 이행해야 한다(「부가가치세법」제4조). 그러나 일정한 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세 납세의무가 면제되는데, 사모투자전문회사업 역시 부가가치세가 면제되는 금융･보험용역에 해당한다(「부가가치세법 시행령」제40조 ① 2호 아목). 사모투자전문회사는 부가가치세 납부의무가 없기 때문에 제3자로부터 재화나 용역을 공급받으면서 지출한 매입부가가치세는 공제 또는 환급 받지 못한다.

주권 또는 지분(이하 “주권 등”)을 양도하는 경우 증권거래세가 과세된다(「증권거래세법」제1조). 따라서 사모투자전문회사가 투자대상기업의 주권 등을 취득한 후 양도할 경우 증권거래세가 과세된다.

법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법 제47조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다(「지방세법」제7조 ⑤). 「조세특례제한법」제120조 제6항에서는 과점주주 취득세 적용 배제규정을 두고 있으나, 사모투자전문회사에 대해서는 배제규정을 두고 있지 않다. 따라서 사모투자전문회사가 과점주주가 되는 경우 과점주주 취득세를 납부해야 한다.

사모투자전문회사는 투자대상기업의 사업구조나 지배구조 등을 개선하는 과정에서 처분하는 부동산을 취득할 수 있는데(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제270조 제1항), 이와 같이 부동산을 취득할 경우 부동산 취득 및 보유에 대한 별도 감면 규정이 없다. 따라서 사모투자전문회사가 취득하는 부동산에 대해서는 일반적인 취득세율 및 대도시내 취득시 중과세율이 그대로 적용된다.

법인이 해산으로 청산하는 경우 잔여재산 가액이 확정되는 날까지의 기간에 대한 각 사업연도 소득금액에 대한 법인세와 청산소득에 대한 법인세를 신고납부해야 한다(「법인세법」제3조 ① 2호, 8 ①). 사모투자전문회사가 동업기업 과세특례를 적용받는 경우 해산으로 인한 각 사업연도 소득금액에 대한 법인세와 청산소득에 대한 법인세 납세의무는 없다.

사모투자전문회사가 동업기업 과세특례 적용시 동업자가 동업기업으로부터 자산을 분배받은 경우 분배받은 자산의 시가가 분배일의 해당 동업자의 지분가액을 초과하면 동업자는 분배일이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 초과하는 금액을「소득세법」제17조 제1항에 따른 배당소득으로 본다(「조세특례제한법」제100조의 22 ①). 한편, 동업기업이 해산에 따른 청산, 분할, 합병 등으로 소멸함에 따라 동업자가 동업기업으로부터 자산을 분배받은 경우 분배받은 자산의 시가가 분배일의 해당 동업자의 지분가액에 미달하면 동업자는 분배일이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 미달하는 금액을「소득세법」제94조 제1항 제3호 또는 제4호 다목에 따른 자산을 양도함에 따라 발생한 손실로 본다(「조세특례제한법」제100조의 22 ② 및「조세특례제한법 시행령」제100조의 23).

청산으로 인해 현물자산을 분배받는 경우 일반적인 자산 분배와 달리 취급한다는 특별한 예외규정이 없으므로 분배받은 자산의 시가 중 분배시점의 동업자의 지분가액을 초과하는 부분은「소득세법」제17조 제1항에 따른 배당소득으로 본다.

한편, 사모투자전문회사가 보유중인 재산(주식 등)을 환가하지 못해 현물재산을 그대로 사원들에게 잔여재산으로 분배할 경우 이에 대해 증권거래세가 과세될 것인지가 문제될 수 있다. 이와 관련하여 과세관청은 “법인의 청산에 따른 잔여재산분배로 보유투자주식을 주주에게 소유권 이전하는 것은 증권거래세법 제1조 및 제2조에 규정한 증권거래세 과세대상인 주권의 양도에 해당한다”라고 해석한바 있다(서삼46016-12254, 2002.12.28., 소비46430-328, 1999.7.7.).

동업기업 과세특례란 동업기업에 대해서는「소득세법」제3조 및「법인세법」제3조 제1항 각 호의 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 부과하지 않고, 동업기업의 동업자가 배분받은 동업기업의 소득에 대해 소득세 또는 법인세를 납부할 의무를 지는 제도를 말한다(「조세특례제한법」제100조의 16 ① 및 ②).

(1) 동업기업

동업기업이란 2명 이상이 금전이나 그 밖의 재산 또는 노무 등을 출자하여 공동사업을 경영하면서 발생한 이익 또는 손실을 배분 받기 위하여 설립한 단체를 말하고, 동업자란 동업기업의 출자자인 거주자, 비거주자, 내국법인 및 외국법인을 말한다(「조세특례제한법」제100조의 14 1호 및 2호).

(2) 배분(Allocation)과 분배(Distribution)

배분이란 동업기업의 소득금액 또는 결손금 등을 각 과세연도의 종료일에 자산의 실제 분배 여부에 관계없이 동업자의 소득금액 또는 결손금 등으로 귀속시키는 것을 말하고, 분배란 동업기업의 자산이 동업자에게 실제로 이전되는 것을 말한다(「조세특례제한법」제100조의 14 3호 및 8호).

(3) 능동적동업자와 수동적동업자

동업기업 과세특례 적용시 동업자는 동업기업의 경영에 참여하는 동업자(이하 “능동적동업자”)와 동업기업의 경영에 참여하지 않고 출자만 하는 동업자(이하 “수동적동업자”)로 구분한다(「조세특례제한법 시행령」제100조의 18 ①). 사모투자전문회사의 무한책임사원은 능동적동업자로, 유한책임사원은 수동적동업자로 본다.

(1) 동업기업 과세특례를 신청하지 않을 경우

사모투자전문회사가 동업기업 과세특례를 신청하지 않을 경우 일반 내국법인과 같이 법인세 납세의무를 진다. 또한, 사모투자전문회사로부터 배당을 받는 사원들 역시 법인세 또는 소득세 납세의무를 부담하기 때문에 이중과세 문제가 발생한다. 법인의 경우「법인세법」제18조의 3에 따른 수입배당금 익금불산입을 통해, 거주자의 경우「소득세법」제56조에 따른 배당세액공제를 통해 이중과세가 일부 조정되지만, 완전한 이중과세 조정이 되지는 않는다. 따라서 이중과세 문제를 피하고자 한다면 반드시 동업기업 과세특례를 신청해야 한다.

(2) 2009년 1월 1일 이전에 설립된 사모투자전문회사

동업기업 과세특례제도는 2009년 1월 1일부터 시행되었다. 그 이전에 설립된 사모투자전문회사는 (구)간접투자자산운용업법의 적용을 받는 투자합자회사로서 「법인세법」제51조의 2【유동화전문회사 등에 대한 소득공제】의 적용을 받아 배당가능이익의 90% 이상을 배당할 경우 그 배당금액은 해당 사모투자전문회사의 각 사업연도 소득금액 계산시 소득공제가 가능하였다. 이러한 소득공제를 통해 사모투자전문회사 단계에서는 법인세를 과세하지 않도록 하고, 대신 사모투자전문회사에 투자한 사원들에게 과세가 이루어지도록 함으로써 이중과세를 조정하였다.

그러나 2009년 1월 1일 이후 설립된 사모투자전문회사의 경우 동업기업 과세특례를 허용함으로 인해「법인세법」제51조조의 2 규정을 더 이상 적용받지 못하게 되었다. 대신 2009년 1월 1일 이전에 (구)간접투자자산운용업법 제144조의6에 따라 금융위원회에 등록한 사모투자전문회사의 경우 2009년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일부터 1개월 이내에 동업기업 과세특례 제도의 적용을 신청한 경우 동업기업 과세특례를 적용받을 수 있다. 그 때까지 신청하지 않은 경우 동업기업 과세특례를 적용 받을 수 없고, 대신 해당 사모투자전문회사는 과거와 같이 해산등기일이 속하는 사업연도까지 종전의 규정에 따라 배당가능이익의 90% 이상을 배당할 경우 지급배당 소득공제 규정을 적용받을 수 있다[법인세법 부칙(법률 제9267호, 2008.12.26.) 제20조].

동업기업은 납세의무를 부담하지 않기 때문에 동업기업 단계에서 발생한 소득금액･결손금 또는 세액은 동업자에게 배분하여 동업자의 소득금액･결손금 또는 세액으로 귀속시켜 과세하는 절차가 필요하다. 소득금액･결손금 또는 세액의 배분기준을 요약하면 아래와 같다.

동업기업은 동업기업의 소득금액 또는 결손금을 산정하여 각 과세연도의 종료일에 동업자들에게 동업자간의 손익배분비율에 따라 해당 소득금액 또는 결손금을 배분하고 동업자는 배분받은 소득금액 또는 결손금을 자신의 소득금액 계산시 가산하거나 차감한다(「조세특례제한법」제100조의 18 ① 및 ③). 동업기업의 소득금액 또는 결손금을 “동업자군별 동업기업 소득금액 또는 결손금”으로 계산하는 이유는 현행 소득세법 또는 법인세법상 거주자, 비거주자, 내국법인 또는 외국법인의 과세대상 소득금액의 계산방식이 각각 다르기 때문이다. 즉, 동업자들이 직접 사업을 영위했을 경우와 동업기업을 통해서 사업을 영위했을 경우에 있어 과세효과가 달라지지 않도록 하기 위해 동업자군별로 소득금액 또는 결손금을 각각 계산하는 것이다. 동업기업의 소득금액 또는 결손금은 아래와 같은 절차를 거쳐 동업자들에게 배분된다.

사모투자전문회사의 경우 거의 모든 경우에 있어 내국법인만이 무한책임사원이면서 업무집행사원의 역할을 수행하고 있다. 반면, 유한책임사원으로 참여하는 자는 거주자, 비거주자, 내국법인 그리고 외국법인 등으로 다양하다. 사모투자전문회사의 능동적 동업자가 내국법인일 경우 모든 소득이 익금으로만 처리되므로 소득의 구분이 크게 중요하지 않고, 유한책임사원의 경우 배분받은 소득이 배당소득으로만 간주된다. 따라서 원칙적으로 위와 같은 소득종류의 구분은 사모투자전문회사의 출자사원들에게는 큰 실익이 없다.

다만,「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조 제18항 제7호에 따른 사모투자전문회사의 유한책임사원(수동적동업자) 중 우리나라와 조세조약이 체결된 국가에서 설립된 연금･기금 등으로서 일정한 요건을 모두 충족하는 연금･기금 등(이하 “해외 연･기금 등”)이 배분받는 소득에 대해 해당 국가에서 과세되지 아니하는 경우 그 배분받는 소득은 배당소득으로 보지 않고 소득의 원천별로 구분하여 국내원천소득이 발생한 것으로 보게 되므로(「조세특례제한법」제100의18 ③ 단서,「조세특례제한법 시행령」제100의18 ⑨) 소득구분이 의미가 있다.

또한, 비거주자 또는 외국법인인 수동적 동업자가 소득을 직접 지급받지 않고 동업기업을 통하여 배분받음으로써 소득세 또는 법인세를 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에도 배분받은 소득을 배당소득으로 보지 않고「소득세법」제119조 또는「법인세법」제93조의 소득구분에 따르게 된다.

한편, 사모투자전문회사가 비거주자 또는 외국법인인 수동적동업자에게 소득을 배분하는 경우에는 해당 동업자가 배분받은 소득금액에서 자본시장법에 따른 보수(성과보수는 제외)와 수수료 중 동업기업의 손익배분비율에 따라 그 동업자에게 귀속하는 금액을 뺀 금액을 그 동업자가 배분받은 소득금액으로 한다(「조세특례제한법 시행령」제100조의 18 ⑧).

사모투자전문회사의 경우 실무적으로 거의 모든 경우에 있어 내국법인만이 능동적동업자(무한책임사원인 업무집행사원)가 된다. 따라서 능동적동업자인 내국법인이 각 과세연도에 배분받은 결손금을 「법인세법」제19조에 따른 손금으로 처리하게 된다. 반면, 유한책임사원으로 참여하는 거주자, 비거주자, 내국법인 또는 외국법인은 수동적동업자이기 때문에 결손금을 배분받지 않는다. 대신, 해당 과세연도의 종료일부터 10년 이내의 끝나는 과세연도에 소득금액을 배분할 때 배분받지 못한 결손금의 이월공제가 인정된다.

동업기업과 관련하여 발생한 세액은 각 과세연도의 종료일에 동업자간의 손익배분비율에 따라 동업자에게 배분한다(「조세특례제한법」제100조의 18 ④, 「지방세법」제103조의 54). 이 때 동업기업 관련 세액은 동업기업을 하나의 내국법인으로 보아 계산한다(「조세특례제한법 시행령」제100조의 19 ①). 　
　

• 배분받은 소득에 대한 원천징수시 공제대상

• 가. 거주자･비거주자･외국법인인 수동적동업자의 경우
• 나. 거주자인 동업자(수동적 동업자는 제외한다)로서 배분받은 소득이 조세특례제한법 제100조의18 제6항 제1호에 따라「소득세법」제16조【이자소득】, 제17조【배당소득】 또는 제21조의 소득(기타소득)에 대한 수입금액으로 구분되는 경우

사모투자전문회사가 정관･약관 또는 투자계약서에서 정한 비율･순서 등에 따라 결정된 이익의 배당률 또는 손실의 배분율을 약정손익배분비율로 신고한 때에는 약정손익배분비율을 소득금액 배분을 위한 손익배분비율로 인정한다(「조세특례제한법 시행령」제100조의 17 ④).

한편, 사모투자전문회사의 정관 등에 사원간 이익의 배당률에 대해서만 약정하고 손실의 배분율에 대해서는 별도로 약정하지 않은 상태에서 결손금이 발생하는 경우 정관변경 등을 통해 결손금에 대해 배분비율을 정한 후 이를 신고한다면 이에 따른 배분도 인정될 것이나, 손실에 대한 약정비율이 없는 상태에서 청산이 이루어진다면 약정손익배분비율이 없는 것으로 보아 출자비율에 따라 배분되어야 할 것이다.　

동업자가 동업자의 자격이 아닌 제3자의 자격으로 동업기업과 거래를 하는 경우 동업기업과 동업자는 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 거래에서 발생하는 수익 또는 손비를 익금 또는 손금에 산입한다(「조세특례제한법」제100의19 ①).

동업자가 동업자의 자격이 아닌 제3자의 자격으로 동업기업과 거래하는 경우란 동업자가 동업기업으로부터 얻는 거래대가가 동업기업의 소득과 관계없이 해당 거래를 통하여 공급되는 재화 또는 용역의 가치에 따라 결정되는 거래를 말한다(「조세특례제한법 시행령」제100조의 20 ①).

동업자가 제3자가 아닌 동업자의 자격으로 동업기업과 거래를 하는 경우 동업자간의 약정에 따른 손익이 분배되는 것으로 보아야 한다. 동업기업의 소득은 동업자간의 약정에 따라 정해진 손익배분비율에 따라 해당 동업자에게 배분되어 분배되는 것이므로, 동업자가 동업자의 자격으로 동업기업과의 거래를 통해 대가를 수취할 경우 동업기업의 소득금액이 해당 동업자에게 분배되는 것으로 보아야 한다.

(1) 업무집행사원의 관리보수

사모투자전문회사의 업무집행사원이「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제272조에 따라 사모투자전문회사에 용역을 제공하는 거래는 동업자가 동업자의 자격이 아닌 제3자의 자격으로 동업기업과 거래하는 경우에 해당하는 것으로 본다(「조세특례제한법 시행령」제100조의 20 ②). 따라서 사모투자전문회사가 업무집행사원에게 지출하는 관리보수는 사모투자전문회사의 배분대상 소득금액 계산시 손금으로 처리하고, 해당 업무집행사원(내국법인)은 지급받은 관리보수를 각 사업연도 소득금액 계산시 익금으로 포함하여야 한다.

(2) 업무집행사원의 성과보수

업무집행사원이 사모투자전문회사로부터 지급받는 성과보수는 제3자의 자격이 아닌 동업자의 자격으로 거래하는 경우로 본다(「조세특례제한법 시행령」제100조의 22 ②). 즉, 사모투자전문회사가 동업기업 과세특례 적용시 각 과세연도마다 소득금액을 배분하게 되고, 그 후 재산을 실제로 받을 때는 분배받은 것으로 보는데, 업무집행사원이 받는 성과보수 역시 이러한 소득금액의 분배과정의 일부라고 보는 것이다.

다만, 업무집행사원에 대한 성과보수가 성과가 발생한 사업연도가 종료되기 전에 지급될 경우 이중과세 문제가 발생할 수 있다. 즉, 동업기업의 소득금액 배분은 과세연도 말에 하게 되고 그 때 동업자의 지분가액의 조정도 함께 이루어지는데, 만약 소득금액의 배분 전에 업무집행사원에 대한 이익의 배당이 있을 경우 자산을 분배받은 것으로 보고 분배받은 자산의 시가가 분배일의 해당 동업자의 지분가액을 초과하면 그 초과금액은 배당소득으로 보아 과세가 이루어질 수 있다(「조세특례제한법」제100조의 22 ①). 또한, 동업기업의 과세연도 종료시점에 업무집행사원에 대한 소득금액 배분 절차를 통해 또 다시 업무집행사원에게 과세가 될 것이므로 하나의 소득(성과배당)에 대해 이중으로 과세가 되는 문제가 발생한다. 이에 대해 아직까지 명확한 해석은 나오지 않았으나, 업무집행사원에게 지급되는 성과보수는 이익의 우선배당으로 보고 있고( 「조세특례제한법 시행령」제100조의 17 ④), 사업소득의 성격을 가지고 있는 대가를 배당소득으로 보아 과세하는 것 역시 타당하지 않아 보이므로, 성과보수 지급시점에는 과세를 하지 않고 과세연도 말 소득금액을 배분 할 때에만 과세를 하는 것이 합리적이라고 생각한다.

(1) 원천징수의무의 내용

사모투자전문회사는 상법상 합자회사로서 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 내국법인에 해당한다. 따라서 사모투자전문회사에 소득을 지급하는 자 는 「법인세법」제73조의 규정에 따라 이자소득 또는 투자신탁의 이익을 지급하는 경우에 한하여 원천징수의무를 부담한다.

다만, 사모투자전문회사의 사원 중 국민연금기금이 있는 경우 원천징수의 특례가 적용된다. 즉, 법인세법은 내국법인에게 이자소득금액 또는 투자신탁의 이익을 지급하더라도 그 소득을 수취하는 내국법인이 수취한 “소득에 대해 법인세가 부과되지 않거나 면제되는 경우” 그 소득을 지급하는 자는 원천징수의무를 부담하지 않는 것으로 규정하고 있다(「법인세법」제73조 ①, 동법 시행령 제111조 ① 1호). 국민연금기금이 위탁받은 기금을 관리･운용함에 따라 발생하는 소득은 국고에 귀속되는 소득으로 법인세가 부과되지 아니하며, 동 기금에 귀속되는 이자소득도 법인세가 부과되지 않는다. 따라서 국민연금기금에게 이자소득 등을 지급하는 경우 원천징수 대상에 해당하지 않는 것이 원칙이다(법규과-195, 2010.2.9., 원천세과-134, 2010.2.10., 법인22631-17, 1992.1.21.). 이와 같이 국민연금기금이 직접 이자소득을 수취할 경우 이자소득에 대한 원천징수가 되지 않지만, 국민연금기금이 사모투자전문회사의 유한책임사원으로 참여한 후 사모투자전문회사가 제3자로부터 이자소득을 지급받을 때 원천징수가 된다면, 원천징수 후 이자소득을 국민연금기금에 배분할 경우 국민연금기금은 이자소득을 배분 받음과 동시에 원천징수된 세액도 함께 배분받게 된다. 이 경우 국민연금기금은 이자소득에 대해 원천징수가 된 결과가 되어 이자소득을 직접 수취하는 경우와 비교할 때 사모투자전문회사를 통한 간접투자가 조세상 불리하다. 이러한 조세불균형을 해소하기 위해 과세관청은 “국민연금기금이 사모투자전문회사의 유한책임사원으로 참여하고 사모투자전문회사가 이자소득을 수령하는 경우 사모투자전문회사에 이자소득을 지급하는 자는 지급하는 이자소득에 대한 원천징수를 함에 있어 사모투자전문회사의 이자소득 중 국민연금기금에 배분되는 이자소득에 해당하는 금액은 원천징수 대상에서 제외된다”라고 해석하고 있다(법인세제과-822, 2011.8.24., 원천세과-546, 2011.9.11.).

따라서 사모투자전문회사에 이자소득을 지급하는 자는 이자를 지급하기 전에 사모투자전문회사의 유한책임사원 중 국민연금기금과 같이 수취한 이자소득에 대해 법인세가 과세되지 않거나 면제되는 단체가 있는지를 확인한 후 국민연금기금 등이 있다면 사원간 손익배분약정이 기재된 정관 등을 제출 받아 국민연금기금 등에 배분되는 이자소득 상당액에 대해서는 원천징수가 되지 않도록 유의해야 한다.

(2) 원천징수세액의 배분

사모투자전문회사가 소득을 지급받을 때 제3자로부터 원천징수 된 세액은 각 과세연도의 종료일에 사원간 손익배분비율에 따라 각 사원들에게 배분한다(「조세특례제한법」제100조의 18 ④). 사원들은 사모투자전문회사로부터 배분받은 원천징수세액을 배분일이 속하는 과세연도에 부담할 법인세 또는 소득세 산출세액에서 기 납부세액으로 공제받게 된다(「조세특례제한법」제100조의 18 ⑤).

사모투자전문회사가 제3자에게 소득을 지급할 때의 원천징수는 원천징수 관련 일반규정에 따른다.

즉, 내국법인에게 소득을 지급하는 경우「법인세법」제73조의 규정에 따라 이자소득과 투자신탁의 이익을 지급하는 경우에 한하여 원천징수를 하고, 거주자에게 소득을 지급하는 때에는「소득세법」제127조의 규정에 따라 소득원천별로 원천징수를 한다. 외국법인에게 소득을 지급하는 경우에는 법인세법 98조에 따라 법인세를, 비거주자에게 소득을 지급하는 때에는「소득세법」제127조의 규정에 따라 소득세를 원천징수한다. 만약, 소득을 지급받는 외국법인 또는 비거주자의 거주지국과 한국 사이에 조세조약이 체결되어 있을 경우 그 조세조약에서 정한 제한세율과 국내세법상 원천징수세율 중 낮은 세율로 원천징수한다.

사모투자전문회사의 사원에 대한 원천징수의무는 사원이 내국법인･거주자인 경우와 외국법인･비거주자인 경우에 대해 달리 적용된다.

(1) 내국법인 또는 거주자인 사원에 대한 원천징수

① 일반적인 경우

원천징수는 원천징수 대상이 되는 소득금액을 지급하는 때에 해야 한다. 그러나 동업기업 과세특례 적용시에는 동업기업의 소득은 배분과 분배라는 절차를 거쳐 지급되므로 배분시기와 분배시기 중 언제 원천징수를 해야 하는지가 문제될 수 있다. 동업기업 소득금액의 배분이란 자산의 실제 지급 여부에 관계없이 동업기업의 소득을 동업자에게 귀속시키는 것을 말하므로 배분시기를 소득금액을 지급하는 때로 보기 어렵고, 배분된 소득을 실제로 분배하는 시기를 소득금액을 지급하는 때로 보아야 한다. 따라서 사모투자전문회사가 동업기업의 소득을 각 사원들에게 배분할 때에는 원천징수를 하지 않고, 이후 분배를 통하여 소득금액을 실제로 지급하는 때에 해당 사원들로부터 법인세 또는 소득세를 원천징수해야 한다.

동업기업은 동업자로부터 원천징수한 세액을 납세지 관할세무서장에게 납부해야 하고, 동업자는 해당 세액을 소득세 확정신고 또는 법인세 과세표준 신고시 산출세액에서 기납부세액으로 공제하게 된다.

② 지분가액을 초과하여 분배된 소득의 경우

동업자가 동업기업으로부터 자산을 분배받은 경우 분배받은 자산의 시가가 분배일의 해당 동업자의 지분가액을 초과하면 동업자는 분배일이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 초과하는 금액을「소득세법」제17조 제1항에 따른 배당소득으로 보아 원천징수 해야 한다(「조세특례제한법」제100조의 22 ①).

③ 거주자인 사원에 대한 원천징수 특례

가. 지급시기의제

동업기업이 동업자에게「조세특례제한법」제100조의 18 제1항에 따라 소득금액을 배분함에 있어 거주자인 동업자가 이자･배당･기타소득금액을 배분받은 후 해당 동업기업의 과세기간 종료 후 3개월이 되는 날까지 소득금액을 지급하지 아니한 경우 해당 동업기업의 과세기간 종료 후 3개월이 되는 날에 이자･배당･기타소득금액을 지급한 것으로 보아 원천징수를 해야 한다(「소득세법 시행령」제190조 1호의3,「소득세법 시행령」제191조 3호, 202 ③).
　

사모투자전문회사가 동업기업 과세특례를 적용 받는 경우 각 과세연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월이 되는 날이 속하는 달의 15일까지 해당 과세연도의 동업기업 소득 계산 및 배분명세 신고서를 관할 세무서장에게 신고하여야 한다(「조세특례제한법」제100조의 23 ①).

동업기업의 소득의 계산 및 배분명세서 신고시 아래의 서류를 첨부하여 제출해야 한다. 이 경우 아래 ①의 서류(대차대조표와 손익계산서)와 ‘②’의 서류(지분가액조정명세서)를 첨부하지 않으면 적법한 신고로 보지 않아 가산세 문제가 발생하게 되므로 유의해야 한다(「조세특례제한법 시행령」제100조의 24).
　

한편, 각 과세연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 경우에도 동업기업의 소득의 계산 및 배분명세를 신고해야 하며, 동업기업은 위 신고를 할 때 각 동업자에게 해당 동업자와 관련된 신고 내용을 통지하여야 한다(「조세특례제한법」제100조의 23 ② 및 ③).
　

(1) 배분받은 소득금액 등에 대한 납세의무

동업자는 동업기업의 과세연도의 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세 과세표준을 계산할 때 동업기업으로부터 배분받은 소득금액 또는 결손금을 익금(또는 수입금액) 또는 손금(또는 필요경비)으로 보아 계산한다(「조세특례제한법」제100조의 18). 다만, 수동적 동업자는 배당소득으로 본다. 동업자는 배분받은 소득금액 또는 결손금을 자신의 다른 소득금액 또는 결손금과 합산하여 소득세 또는 법인세 납세의무를 이행해야 한다(「조세특례제한법」제100조의 16 ① 및 ②).

(2) 분배받은 소득금액 등에 대한 납세의무

동업자가 동업기업으로부터 분배받은 자산의 시가 중 분배일의 해당 동업자의 지분가액 상당액은 해당 동업자의 분배일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세 과세표준을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다(「조세특례제한법」제100조의 22 ③). 따라서 동업자는 동업기업으로부터 이미 배분받아 과세된 소득금액을 실제로 분배받을 때에는 별도의 납세의무를 부담하지 않는다.

다만, 분배받은 자산의 시가가 분배일의 해당 동업자의 지분가액을 초과하면 동업자는 분배일이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 초과하는 금액을 배당소득으로 본다(「조세특례제한법」제100조의 22 ①).

(1) 지분가액의 증액조정

(2) 지분가액의 감액조정
　

지분가액의 감액조정은 그 최저금액을 영(零)으로 한다(「조세특례제한법 시행령」제100조의 21 ⑤). 따라서 자산분배액 또는 지분양도가액이 지분가액을 초과하는 경우 그 초과금액은 배당소득 또는 양도소득으로 과세되고 지분가액은 영(零)으로 감액된다. 한편, 결손금의 배분액이 지분가액을 초과할 경우 그 초과금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일 이후 10년 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 배분하고 이에 따라 지분가액이 감액조정하게 된다(「조세특례제한법 시행령」제100조의 18 ②).

(3) 조정사유 동시 발생시 적용순서

둘 이상의 지분가액 조정사유가 동시에 발생할 경우 아래의 순서에 따라 조정한다(「조세특례제한법 시행령」제100조의 21 ④).
　

자산의 출자 등과 자산의 분배 등은 기중에 이루어지는 반면, 소득금액 또는 결손금의 배분은 기말에 이루어지므로 자산의 출자 등과 자산의 분배 등에 따른 조정을 우선적으로 적용하고 있다.

다만, 동업기업이 해산에 따른 청산, 분할, 합병 등으로 소멸되는 경우 또는 동업자가 동업기업을 탈퇴하는 경우에는 모든 조정사항이 반영된 최종 지분가액을 기준으로 최종적인 손익을 인식해야 한다. 따라서 이 경우 제3항(동업기업으로부터의 소득금액 배분에 따른 지분가액조정) 또는 제4항(동업기업으로부터의 결손금 배분에 따른 지분가액조정)을 먼저 적용한 후에 마지막으로 제2항(동업기업의 자산 분배･동업기업의 지분 양도 또는 상속･증여 하는 경우의 지분가액조정)을 적용한다(「조세특례제한법 시행령」제100조의 21 ④ 단서,「조세특례제한법 시행령」제100조의 23).

(1) 지분을 양도한 사원에 대한 과세문제

동업자가 동업기업의 지분을 타인에게 양도하는 경우 해당 지분의 양도소득에 대해서는 아래의 자산을 양도한 것으로 보아 소득세법 또는 법인세법에 따라 양도소득세 또는 법인세를 과세한다(「조세특례제한법」제100조의 21 ①).
　

사모투자전문회사의 지분 양도에 대해 증권거래세를 면제하는 규정은 없다(「조세특례제한법」제117조 ①). 따라서 사모투자전문회사의 지분 양도시 증권거래세가 부과된다(「증권거래세법」제1조). 비상장법인인 사모투자전문회사의 지분양도시 증권거래세율은 양도가액의 0.5%가 적용된다(「증권거래세법 시행령」제5조).

(2) 지분을 양수한 사원에 대한 과세문제

사모투자전문회사의 지분을 양수한 유한책임사원 1명과 그 특수관계인이 보유한 지분의 합계가 사모투자전문회사 전체 출자총액의 50%를 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 경우 사모투자전문회사가 부동산을 보유하고 있다면 과점주주 취득세가 과세될 수 있다.