주식취득 후 해당 법인의 건물을 취득시 과점주주취득세의 차감여부
【질문】-삼일인포마인
2017년 A라는 회사의 주식을 100% 취득하였고 A회사 토지, 건물을 취득하면서 취득세를 납부하였습니다. 최근 지방세세무조사를 받게 되었는데 자산양수와 동시에 대표가 과점주주가 되었으니 과점주주 간주취득세를 납부해야 한다고 합니다. 해당 의견이 타당한 것인지 문의 드립니다.
【답변】
법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대한 간주취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 않았지만 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과한 것이므로 그 후 그 과점주주가 영업양수도 방식으로 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당합니다(대법원 2006다81257, 2009.4.23.). 따라서, A회사의 주식을 100%를 인수한 경우에는 A회사 과점주주로 간주취득세 납세의무가 성립되어 과세되었을 것으로, 그 후 A회사의 취득세 과세대상 물건을 B회사가 취득한 경우에는 이미 납부한 간주취득세는 차감되어야 할 것입니다.
