오늘은 연구인력개발비 세액공제를 살펴봅니다.
제출서류 -한국상장사협회-내국법인이 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용받기 위해서는 해당 과세연도의 법인세 과세표준 신고시 다음의 서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다(조특법 제10조 제3항, 같은 법 시행령 제9조 제9항).
o 세액공제신청서(별지 제1호 서식)
o 연구ㆍ인력개발비 명세서(별지 제3호 서식(1), 별지 제3호 서식 부표(1), 별지 제3호 서식(2))
o 연구개발계획서
최저한세
최저한세는 조세정책 목적상 세금을 공제ㆍ감면해주는 경우라도 세부담의 형평성을 고려하여 납세의무자에게 최소한의 세금을 납부하도록 하는 제도를 의미한다(조특법 제132조).
(1) 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제의 최저한세 적용
연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제는 적용대상자가 중소기업이 아닌 내국법인의 경우에만 최저한세가 적용된다(조특법 제132조 제1항 제3호).
[연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제의 최저한세 적용]
| 구분 | 최저한세 적용 |
| 중소기업 외의 법인 | ○ |
| 중소기업 | X |
(2) 최저한세 계산
최저한세는 다음과 같이 산정한다(조특법 제132조 제1항, 조특법 시행령 제126조).
<1단계> 최저한세 적용대상 조특법상 규정 확인
o 조특법상 손금으로 산입한 연구ㆍ인력개발준비금
o 조특법상 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액, 비과세금액
o 조특법상 세액공제금액
o 조특법상 법인세의 면제 및 감면
< 2단계> 최저한세 적용대상 공제ㆍ감면 후 법인세액의 계산
① = 최저한세 적용대상 조특법상 준비금ㆍ소득공제금액ㆍ손금산입금액ㆍ익금불산입금액ㆍ비과세금액ㆍ세액공제금액ㆍ법인세의 면제 및 감면 적용 후의 법인세액
<3단계> 법인세 최저한세액 계산
② = 법인세 최저한세액 = ㉠ ⅹ ㉡
㉠ 최저한세 과세표준
= 최저한세 적용대상 조특법상 준비금ㆍ소득공제금액ㆍ손금산입금액ㆍ익금불산입금액ㆍ비과세금액 반영 전 법인세 과세표준*)
*) 조특법상 준비금을 관계규정에 따라 익금에 산입한 금액 포함
㉡ 최저한세율
| 구분 | 최저한세율 | ||
| 중소기업 (유예기간 4년 포함) | 7% | ||
| 중소기업 유예기간 경과 후 | 1~3년 차 | 8% | |
| 4~5년 차 | 9% | ||
| 중소기업 외의 법인 | 과세표준 | 100억원 이하 | 10% |
| 100억원 초과 1,000억원 이하 | 12% | ||
| 1,000억원 초과 | 17% | ||
<4단계> 최저한세 미달 여부 판정
‘② - ① > 0’일 경우 : 최저한세에 미달하는 세액에 상당하는 조특법상 규정(② - ①)은 해당 과세연도에 배제되고 이월공제됨.
(적용 배제 순서)
o 납세의무자가 신고한 경우 : 임의로 감면배제항목을 선택할 수 있음.
o 정부가 경정하는 경우 : 연구ㆍ인력개발준비금 → 조특법상 손금산입 및 익금불산입 → 세액공제*) → 법인세의 면제 및 감면 → 소득공제 및 비과세
*) 이월된 공제세액이 있는 경우 나중에 발생한 것부터 적용 배제(조특법 시행령 제126조 제5항 제3호)
추계과세시 세액공제 배제
납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장이 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정시 다음의 사유에 의하여 추계(推計)하는 경우, 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용하지 아니한다(조특법 제128조 제1항, 법인세법 제66조 제3항 단서규정, 같은 법 시행령 제104조 제1항).
o 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우
o 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우
o 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우
이월공제
다음의 사유에 의하여 해당 과세연도의 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액을 공제받지 못한 경우, 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내*) 에 종료되는 각 과세연도에 이월하여 공제받을 수 있다(조특법 제144조 제1항). 이월공제순서는 먼저 발생한 것부터 순차적으로 공제한다(조특법 제144조 제2항).
o 해당 과세연도의 법인세액이 없어 공제받지 못한 세액공제액
o 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 세액공제액
*) 중소기업 투자 세액공제의 경우 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년 이내에 이월공제받을 수 있다(조특법 제144조 제1항).
농어촌특별세 과세 검토
조특법에 의한 세제지원제도를 적용받는 경우, ‘조특법에 따라 감면받은 법인세의 20%’에 해당하는 농어촌특별세가 과세된다(농어촌특별세법 제5조 제1항 제1호).
그러나, 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제는 농어촌특별세 과세대상에 포함되지 않는다(농어촌특별세법 제4조 제12호, 같은 법 시행령 제4조 제6항 제1호).
관련 예규 및 심사ㆍ심판례
(1) 연구개발비
【자체연구개발비】
(1) 자체연구개발비용과 수탁연구개발비용이 동시에 발생하는 경우
연구개발 전담부서에서 자체연구개발과 수탁연구개발을 함께 수행하는 경우 연구개발 수행기간, 시간 등 합리적인 방법으로 안분계산하여, 수탁받은 연구개발용역을 수행하는 자의 인건비로 지출하는 비용은 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없음(법인-272, 2012. 4. 18.).
(2) 시제품 외주제작비용
전담부서를 설치한 내국법인의 연구개발 과정 중 발생한 시제품 외주제작비용은 연구ㆍ인력개발비 세액공제가 가능함(법인-1030, 2011. 12. 26.).
(3) 견본품 자체제작 비용
법인이 전담부서에서 시험용 원재료 등으로 사용하기 위해 자체제작함에 따른 비용은 연구ㆍ인력개발비세액공제 대상임(법인-828, 2011. 10. 30.).
(4) 시제품별 시험기기 제작비용
법인의 기업부설연구소에서 시제품의 성능시험을 위해 지출한 시험기기 제작비용은 조특법 시행령 제10조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제8조 제1항 제1호의 ‘연구 및 인력개발을 위한 설비투자세액공제’ 적용대상 투자금액에는 해당하나, 같은 법 시행령 제8조 제1항 및 [별표6]의 ‘연구ㆍ인력개발비세액공제’ 적용대상 비용에는 해당하지 않음(법인-778, 2010. 8. 23.).
(5) 납품계약 조건을 충족하기 위한 연구개발비
납품업체가 자기책임과 비용으로 납품조건을 충족하기 위해 선행개발된 기술을 바탕으로 자체기술에 의한 상품화 개발 및 Application 개발을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발전담부서의 연구개발관련 비용은 자체기술개발비용에 해당됨(재조특-990, 2011. 10. 28.).
(6) 연구전담부서에서 전담부서가 아닌 곳으로 이동한 경우
조특법 제10조의 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용하기 위한 연구요원은 같은 법 시행규칙 제6조 제1항에 의한 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서 확인을 받은 이후 실질상 전업적으로 전담부서에서 연구개발 관련업무에 종사하는 직원을 포함하나, 전담부서에서 근무하다가 전담부서가 아닌 곳으로 이동하여 전담부서의 연구용역을 수행하는 경우에는 그러하지 아니함(법인-912, 2009. 8. 18.).
(7) 기업부설연구소 주소이전 지연시 전담부서 취소 여부
기업부설연구소 주소이전 지연시 전담부서가 취소되지 않으면 세액공제 가능하나, 실제 운영하였는지 여부는 사실판단하여 공제여부 결정함(법인-1002, 2010. 10. 29.).
(8) 퇴직과학기술자의 인건비
조특법 시행규칙 제7조에서 규정하는 전담부서에서 연구개발 과제를 전업적으로 수행하는 연구요원의 경우 근무시간에 상관없이 그 지급한 인건비에 대하여 조특법 제10조의 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있음(법인-1332, 2009. 11. 29.).
(9) 해외파견 연구원의 인건비
기술습득 등을 위해 내국법인의 기업부설연구소 소속 연구원을 해외소재 모법인의 연구소에 파견함에 따라 발생한 인건비 등은 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상비용에 해당하지 않음(법인-1329, 2009. 11. 27.).
(10) 일반사원과 함께 출장을 간 경우 그 기간 동안의 인건비
연구ㆍ인력개발비 세액공제 적용시 기술연구소 소속연구원이 연구활동에만 전념하는 것이 아니라 일반사원과 함께 출장을 간다거나 용역업무를 수행한 경우 출장기간이 속한 과세연도에 발생한 연구원의 인건비는 세액공제 배제함이 타당함(서울고법2010누25635, 2011. 2. 10.).
(11) 퇴직급여충당금 적립액
퇴직금과 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 후불적 임금은 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용이라고 볼 수 없고, 퇴직급여충당금은 적정한 기간손익의 계산을 위하여 합리적으로 그 비용액을 추산한 것이어서 이를 정책적 목적의 세액공제 대상인 인건비에 해당한다고 볼 수 없음(서울고법2013누13534, 2013. 10. 23.).
(12) 중간정산 퇴직급여
연구소에서 근무하는 연구원에게 지급하는 중간정산퇴직급여는 조세특례제한법상 연구ㆍ인력개발세액공제 대상에 해당함(부산고법2013누1379, 2013. 9. 25.).
(13) 연차수당
연구개발 전담부서에서 근무하는 직원에게 급여규정에 따라 지급하는 연차수당은 연구ㆍ인력개발비 세액공제 적용대상 인건비에 해당함(법규법인2009-241, 2009. 7. 3.).
(14) R&D세액공제 대상 인건비에서 제외하는 성과급
연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에서 제외되는 인건비 중 ‘법인세법 시행령 제20조 제1항 각 호에 따른 성과급 등’이라 함은 잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액으로서 해당규정 각 호에 따른 성과급을 의미함(서면법규-7, 2014. 1. 6.).
【위탁 및 공동연구개발비】
(1) 타인의 제품개발을 위해 지출된 비용
거래처의 연구개발 활동에 자신의 연구개발전담부서 소속 연구원을 파견함에 따라 지출되는 인건비 등은 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않음(법인-1191, 2009. 10. 26.).
(2) 국외기업의 연구기관에 기술개발을 위탁한 비용
내국법인이 국외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다)에 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용은 조특법 제10조의 규정에 따라 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있음(법인-609, 2010. 6. 29.).
(3) 위탁연구개발을 위한 인건비
내국인이 타인으로부터 수탁받은 연구개발용역수행을 위해 자신의 연구개발전담부서에서 근무하는 자의 인건비 등으로 지출하는 비용은 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없음(법인-268, 2010. 3. 23. ; 조특법 기본통칙 10-0…2).
【직무발명 보상금】
(1) 2007년 12월 31일 이전 지출한 직무발명보상금
2007. 12. 31. 이전에 내국법인이 임원에게 직무발명보상금으로 지출한 금액은 조특법 시행령 별표6 ‘1. 기술개발, 라목’의 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에 해당하지 않음(법인-1255, 2009. 11. 9.).
(2) 임원에게 지급한 직무발명보상금
대법원판례에 따르면 조특법상 연구개발비 세액공제가 적용되는 직무발명보상금 지급 대상 종업원에 임원도 포함되므로 A의 임원 여부와 관계없이 A의 직무발명 보상금은 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상임(심사법인2013-0030, 2013. 7. 16.).
【기술정보비(기술자문비 포함) 또는 도입기술의 소화개량비】
(1) 기술개발용역을 위탁하고 지출한 비용
법인이 기술개발을 위하여 조특법 시행령 별표6의 ‘1. 기술개발란 나목 제1항’에서 규정하는 기관에 기술개발용역을 위탁하고 지출한 비용은 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용 받을 수 있음(서면2팀-2021, 2007. 11. 7.).
(2) 정부출연금으로 받은 연구개발용역 수행 후 결과물 이용을 위해 지급하는 기술료
내국법인이 정부출연금을 지급받아 연구개발용역을 수행하고 그 결과물을 이용하기 위한 기술료를 지급하는 경우 해당 기술료는 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 아님(법인-383, 2013. 7. 19.).
【고유디자인의 개발을 위한 비용】
(1) 게임소프트웨어 그래픽디자이너 인건비
조특법 시행령 제8조 제1항과 관련한 별표6의 제1호 사목란의 ‘고유디자인의 개발을 위한 비용’에는 디자인부서에 소속되어 고유디자인 개발에 직접적으로 참여한 게임소프트웨어 그래픽디자이너의 인건비를 포함함. ‘고유디자인의 개발을 위한 비용’에 해당하는 그래픽디자이너의 인건비에는 ‘국민건강보험법’ㆍ‘국민연금법’에 따라 사용자가 부담하는 부담금은 포함함. 다만, ‘소득세법’ 제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액, 복리후생비, 여비교통비 등은 포함되지 않음(법인-11, 2012. 1. 6.).
(2) 국외 디자인 위탁개발비
내국인이 고유디자인의 위탁개발을 위하여 국외의 디자인 전문회사에 지급한 비용은 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상에 포함됨(법인-877, 2011. 11. 4.).
(3) 선박디자인부서 인건비
선주가 주문하는 기본사양에 따라 선박을 제조하는 경우에는 고유디자인의 개발을 위한 비용에 해당하지 아니함(법인-336, 2010. 4. 7.).
(4) 의류 라이센스브랜드 사용자가 개발한 디자인의 고유디자인 해당 여부
의류 제조업을 영위하는 법인(브랜드 사용자)이 브랜드 소유자로부터 밑그림, 스타일, 모양, 직물 등을 제공받아 라이센스브랜드 이미지와 스타일에 맞게 개발한 디자인을 브랜드 소유자의 동의를 받은 후 제품을 생산하여 판매하는 경우, 브랜드 사용자가 개발한 디자인은 조특법 시행령 제8조 제1항과 관련한 별표6의 제1호 사목에 따른“고유디자인”에 해당하지 아니함(법인-229, 2011. 3. 29.).
(5) 광고물 제작회사의 디자인비용
연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어, 조특법 시행령 제9조 제2항 관련 ‘별표6의 제1호 사목’란의 고유디자인의 개발을 위한 비용에는 타인의 의뢰에 의한 광고물을 기획ㆍ제작ㆍ납품함에 있어 발생하는 디자인 개발을 위한 비용은 고유디자인의 개발을 위한 비용에 해당하지 아니함(법인-611, 2010. 6. 11.).
(2) 인력개발비
【위탁훈련비】
(1) 직업훈련기관에 위탁하는 위탁훈련비의 범위
근로자직업능력 개발법에 따른 직업훈련기관과 강사 및 교재공급 계약을 체결하고 해당 법인의 교육시설에서 교육훈련을 하는 경우의 위탁훈련비와 같은 법에 따른 직업훈련기관의 전자교육(e-learning)방법에 의한 위탁교육훈련비는 조특법 시행령 ‘별표 6의 제2호 가목2)’의 위탁훈련비에 해당함(법인-206, 2012. 3. 21.).
(2) 국내ㆍ외 위탁훈련비
법인이 전담부서에 근무하거나 생산업무에 직접 종사하는 직원의 과학기술분야 훈련을 목적으로 국외기업에 지출하는 위탁훈련비는 조특법 제10조 규정의 연구ㆍ인력개발비세액공제에 해당하나, 실제 해당 여부는 종사직원의 근무부서, 훈련목적 등을 검토하여 사실판단할 사항임. 법인이 전담부서에 근무하거나 생산업무에 직접 종사하는 직원의 과학기술분야 훈련을 목적으로 지출하는 비용으로서 전담부서를 보유한 국내기업 또는 한국생산성본부에 지출하는 위탁훈련비는 연구ㆍ인력개발비세액공제에 해당하나, 영업자가 조직한 단체 등에 지출하는 위탁훈련비는 이에 해당하지 않음(법인-1119, 2009. 10. 13.).
(3) 국내ㆍ외 대학 교육비
내국법인의 임원 또는 사용인이 자기책임하에 국내외의 대학에 입학하여 교육을 받는 경우로서 당해 내국법인과 국내외의 대학간 교육에 대한 위탁계약 없이 당해 내국법인이 그 교육비 상당액을 임원 등에게 지급하는 경우 세액공제 대상에 해당하지 않음(법인-3146, 2008. 10. 29.).
【생산성향상 인력개발비】
(1) 조종사 운항자격심사 위탁교육비용의 연구ㆍ인력개발비 세액공제 여부
항공운송업자가 조종사의 자격인정을 위한 정기심사를 받기 위해 위탁교육훈련기관에 지출하는 교육훈련비용과 모의비행장치사용료에 대하여는 연구ㆍ인력개발비세액공제를 적용받을 수 있음(법인-1189, 2009. 10. 26.).
(3) 그 밖의 사례
[공제시기]
(1) 기업부설연구소에서 지출하는 연구ㆍ인력개발비의 세액공제 적용시기
기업부설연구소를 신고하여 인정받은 경우로서 신고일 이후 발생되는 비용이 연구ㆍ인력개발비에 해당되는 경우 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 적용 가능 함(법인-954, 2011. 11. 29.).
[연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액의 계산]
(1) 분할존속법인의 당해 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비
사업연도 중에 인적분할한 분할존속법인이 분할사업연도에 조특법 제10조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 ‘당해 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비‘는 분할전 발생한 비용 중 분할존속법인 해당사업부문과 관련한 비용을 구분하여 분할 후 발생한 비용과 합하여 계산하고 ‘당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액‘은 같은 법 시행령 제9조 제4항 단서의 규정에 의하여 계산함(법인46220-230, 2002. 4. 17. ; 조특법 기본통칙 10-9…3).
(2) 3년 평균 R&D비용 계산시 전담부서 인정일 이전 지출한 비용포함 여부
연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용함에 있어 세액공제액을 증가분 방식으로 계산하는 경우, 직전 3년간 발생한 연구ㆍ인력개발비는 연구개발전담부서 인정일 이후에 발생한 비용만으로 계산함(법규법인2013-557, 2014. 4. 1.).
(3) 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액 계산시 월수 계산
연구ㆍ인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 1월로 하고, 과세연도 종료일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 산입하지 아니함(법인-1021, 2009. 9. 17.).
(4) 분할존속법인의 경우 연구개발비 대상금액의 계산방법
분할을 하기 전의 각 사업연도별로 발생한 연구ㆍ인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 분할법인으로부터 승계하는 연구ㆍ인력개발비로 봄(서이46012-11285, 2002. 6. 28.).
[제출서류]
(1) 연구ㆍ인력개발비 세액공제 신청 누락 후 추가로 세액공제 요청하는 경우
기술ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 고유상표 위탁개발용역비는 세액공제 대상이 되며, 조세감면신청은 납세자의 협력의무에 불과하므로 지급사실이 확인된 개발비는 추가 세액공제가 가능함(심사법인2003-3085, 2004. 8. 23.).
(2) 연구ㆍ인력개발비 명세서를 미제출시 이월공제 가능 여부
조특법 제10조의 연구ㆍ인력개발비를 지출했으나 각 사업연도 소득에 대한 법인세는 납부할 세액이 없는 법인이 법인세 과세표준신고시 (舊)조특법 시행령 제9조 제6항이 정하는 연구ㆍ인력개발비발생에 관한 명세서를 제출하지 아니하고 지연하여 제출하는 경우에도 조특법 제144조의 규정에 의한 이월공제기간 내에는 이월공제가 가능함(서면2팀-1908, 2007. 10. 23.).
[최저한세]
(1) 중소기업의 일반기업 전환에 따른 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 이월액 최저한세 적용여부
직전 과세연도에 중소기업이던 내국법인이 해당 과세연도에는 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에 있어 직전 과세연도에 납부할 세액이 없어 조특법 제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액 중 공제받지 못한 부분에 대하여 같은 법 제144조에 의해 이월공제하는 경우 같은 법 제132조에 따라 최저한세액에 미달하는 세액에 대해서는 세액공제를 적용하지 아니함(재조특-36, 2012. 1. 20.).
